ساواک خراسان دستور داد سریعاً با تشکیل کمیسیون حفظ امنیت اجتماعى، آیت الله خامنه اى براى سه سال به شهرى بد آب و هوا تبعید شود. اکیپى از ساواک خراسان موسوم به اکیپ صادق سحرگاه 23/9/1356 با هجوم به منزل ایشان که همراه با ضرب و شتم و توهین و فحاشى به معظم له صورت گرفت، آیتالله خامنه اى را دستگیر کردند. گزارش ساواک در مورد این هجوم و دستگیرى چنین است:

«به عرض مى رساند اکیپ بهروز به اتفاق اکیپ صادق، ساعت 30/5 دقیقه بامداد 23/9/56 روز جارى به آدرس: خیابان خاکى، کوچه دبیرستان فروغ، کوچه فریدون، پلاک 14 منزل آقاى سید على خامنه اى مراجعه و با حضور خودش و نماینده ساواک آقاى طباطبایى از منزل مسکونى بازرسى به عمل آمد. در نتیجه این بازرسى تعداد 13 جلد کتاب مربوط به دکتر على شریعتى و یک جلد مربوط به مرتضى مطهرى و تعدادى جزوات دستنویس و نامه هاى قابل بررسى به دست آمده که کتب و جزوات فوق با خود شخص به اداره مرکزى تحویل گردیده است. بازرسى بدون خسارت جانى و مالى در ساعت 45/6 همین روز پایان یافت و صورت مجلس گردید.»‌ ‌

همان روز دستگیرى آیتالله خامنه اى، اعضاى کمیسیون حفظ امنیت اجتماعى مشهد به دستور مقامهاى بلند پایه ساواک در تاریخ 23/9/56 با تشکیل جلسه اى، معظم له را به سه سال تبعید در ایرانشهر محکوم کردند. ژاندارمى خراسان ماموریت یافت آیت الله خامنه اى را به همراه ماموران محافظ مسلح به ایرانشهر برساند.

پس از استقرار آیت‌الله خامنه اى در ایرانشهر، ساواک شهر مذکور با گماردن مامورانى در جلوى در خانه اى که معظم له در آن به سر مى برد، اسامى کسانى را که به ملاقات ایشان مى آمدند را در لیستى یادداشت مى کرد. تعداد این افراد بالغ بر 120 نفر شده بود.

مقام معظم رهبرى در ایرانشهر فعالیتهاى ضد رژیم پهلوى را ادامه دادند. محورهاى این فعالیتها که توسط ساواک گزارش گردیده چنین است: ‌ ‌

1ـ اقامه نماز جماعت و سخنرانى و ارشاد مردم.

2ـ توزیع کتابهاى دینى و مذهبى.

3ـ ارتباط با جوانان و سوق آنها به طرف انقلاب.

4ـ سرپرستى روحانیون جهت امداد رسانى به سیل زدگان تیر ماه 1357 در ایرانشهر.

برخى از دوستان مقام معظم رهبرى به درخواست ایشان، خودروى پژو 404 را تهیه کرده و به ایرانشهر فرستادند تا حضرت آقا بتوانند براى تبلیغات به محله هاى اطراف شهرهاى مجاور بروند. ‌ ‌

از مهمترین محورهاى فعالیت آیت الله خامنه اى در سال 1356 و 1357 که ساواک روى آن بسیار حساس بود، همکارى ایشان با مبارزان مذهبى مسلحى بود که علیه رژیم پهلوى به فعالیت مى پرداختند. در این مورد باید از ارتباط نزدیک شهید سید على اندرزگو با مقام معظم رهبرى یاد نمود. در گزارش محرمانه ساواک تاریخ 20/8/56 چنین آمده است:

«سید على اندرزگو در تاریخ 20/8/56 از مشهد به قم عزیمت و در یک ملاقات خصوصى در منزل شیخ عبدالرحیم ربانى شیرازى از وى مى خواهد که با او همکارى کند. در مقابل سوال ربانى که دیگر چه کسانى از روحانیون مشهد با او همکارى دارند، عبدالکریم هاشمى نژاد و سید على خامنه اى را اسم برده است»‌ ‌

در همین راستا، سند بسیار مهم ساواک سیستان و بلوچستان با طبقه بندى "خیلى محرمانه"خطاب به ساواک مرکز به تاریخ 12/6/1357 در دست است که در آن چنین آمده است:

"موضوع: سید على خامنه اى واعظ تبعیدى ‌ ‌

نامبرده بالا زمانى که به صورت تبعید در ایرانشهر به سر مى برد، مسافرتى به کوههاى آهوران نموده و ضمن تبلیغات مضره علیه مقامات عالیه مملکتى به میزان مبلغ پانصد هزار ریال سلاح کمرى از محل مزبور خریدارى و به ایرانشهر حمل و پس از خاتمه دوران تبعید با خود برده است"

فعالیتها و سخنرانیهاى آیت الله خامنه اى در ایرانشهر و ارتباطات گسترده مردم و جوانان با ایشان، مقاومت‌هاى ساواک را از خیزشى انقلابى در آن شهر به وحشت افکندند و لذا معظم له را از تاریخ 15/5/1357 به شهر جیرفت تبعید کردند. سخنرانی‌هاى روشنگرانه مقام معظم رهبرى در شهر جیرفت نیز ادامه یافت و به دلیل سرعت پیشرفت انقلاب در نیمه دوم سال 1357، ساواک در جلوگیرى از اقدامهاى انقلابى و سخنرانیهاى آیت الله خامنه اى ناتوان گردید. در نتیجه مخالفت هاى مردمى با ادامه تبعید ایشان و عقب نشینى هاى رژیم پهلوى در برابر طوفان انقلاب اسلامى، دوره تبعید آیت الله خامنه اى 9 ماه و 15 روز تقلیل یافت و معظم له پس از 285 روز تبعید در ایرانشهر و جیرفت، در تاریخ 1/7/1357 به مشهد بازگشته و فعالیتهاى انقلابى را تا پیروزى انقلاب اسلامى، در شهر مشهد پى گرفتند.

لازم به یادآورى است مبارزات مقام معظم رهبرى بر اساس اسناد به جامانده از ساواک، ژاندارمرى و شهربانى رژیم پهلوى را نگارنده در سال 1384 طى طرحى در مرکز اسناد انقلاب اسلامى تدوین و تالیف نموده و اینک در اختیار مرکز مذکور است. در ضمن اسناد ارائه شده در این مقاله از سایت اینترنتى مرکز اسناد انقلاب اسلامى برداشت شده است.