به گزارش مشرق، در کانال تلگرامی شهید صدر نوشته شده است: ساعت ٨ صبح روز یکشنبه یکم آبان ١٣۵۶ شهیدصدر که از کوفه به نجف می‌رفت در مقابل بیمارستان نجف تجمعی غیرعادی از طلبه‌ها را دید.

از شاگردش خواست که مسئله را پیگیری کند. او از ماشین پیاده شد و بعد از مدتی خبر آورد: «آقا سید مصطفی خمینی مسموم شده و او را به بیمارستان آورده‌اند».

شهیدصدر با شنیدن خبر شخصاً از ماشین پیاده شد و با اطرافیان امام خمینی ره از قبیل سیدمحمود دعایی و شیخ غلامرضا رضوانی که آنجا بودند صحبت کرد و آن‌ها به او خبر دادند که آقا مصطفی درگذشته است. شهیدصدر نزدیک به یک ساعت همراه با آنان در کنار بیمارستان ماند و موضوع را پیگیری کرد و سپس به بیرونی منزلش رفت.

وقتی قرار شد پیکر آقامصطفی را ابتدا در کربلا تشییع کنند، شهیدصدر به شاگردش سیدمحمود شاهرودی دستور داد که به نیابت از او در مراسم تشییع کربلا حاضر شود.

فردای آن روز (٢آبان١٣۵۶) شهیدصدر صبح زود به همراه شیخ‌محمدرضا نعمانی برای عرض تسلیت به خانه امام خمینی ره رفتند. در خانه، جز امام و خادم ایشان کسی نبود. شهیدصدر به شیخ محمدرضا نعمانی گفته بود که دستگاه فشار خونی که در منزل دارند را بیاورد تا فشار خون امام را کنترل کند. شهیدصدر به امام گفت: مایلید فشار خون‌تان را بگیرند؟ و امام پاسخ داد که حالش خوب است و نیازی نیست.

شهیدصدر بلافاصله پس از عرض تسلیت به مسجد بهبهانی که نقطه آغاز تشییع پیکر آقامصطفی بود رفت و از اولین نفراتی بود که در مسجد حاضر شد. ساعت ٩ صبح تشییع پیکر آغاز شد و شهیدصدر در صفوف ابتدایی تشییع حرکت می‌کرد.

شهیدصدر به مناسبت درگذشت آقامصطفی دروس خود را تعطیل کرد و در همه مراسمی که از سوی امام خمینی ره برگزار شد شخصاً حضور یافت. همچنین خودش نیز مراسم ختمی برای آقامصطفی برگزار کرد.

سید منیر خباز از خاطره حضور شهیدصدر در مراسم آقامصطفی نقل می‌کند: در مراسم ختمی که در مسجد هندی برگزار شد، آیت‌الله العظمی خویی حضور یافت. ایشان به دلیل وضعیت جسمی نیاز به کمک داشت و وقتی به در مسجد رسید،‌ شهیدصدر که داخل مسجد بود خم شد و پای ایشان را گرفت و کمک کرد تا ایشان بتواند پایش را بلند کند و از درگاه دربگذرد و سپس در کنار امام خمینی ره بنشیند.

ر.ک: محمد باقر الصدر السیرة و المسیرة فی حقائق و وثائق، ج٣، ص۴٠٣