آیت‌الله حسین غفاری در تابستان سال 1335. ق / برابر با 1293. ش در آذرشهر تبریز ـ در بخش دهخورقان ـ به دنیا آمد. وی از نوادگان حاج‌ ملامحسن از شخصیت های علمی و دینی آذرشهر بود كه توسط روس ها به شهادت رسید. گفتنی است هفت نفر از اجداد مادری شیخ حسین غفاری در مبارزه با بیگانگان به شهادت رسیده‌اند كه آرامگاه همگی آنها هم‌اكنون در مسجد حسنلوی آذرشهر واقع می‌باشد. هنوز یك‌سال‌ونیم بیشتر نداشت كه از نعمت پدر محروم شد. در اثر فقدان پدر، فقر بر خانواده سایه گسترد و لذا حسین نیز مجبور شد در دوران كودكی به همراه برادر و خواهر خود، سختی كار در مزرعه را تجربه كند. او از همان كودكی علاقه شدیدی به تحصیل داشت؛ چنان‌كه عصرها وقت خود را صرف آموختن الفبا می‌كرد. وی مقدمات دروس را در زادگاهش در محضر حجت‌الاسلام میرزامحمدحسن منطقی دهخوارقانی فراگرفت. زمانی‌كه برادر بزرگش حسن، در جستجوی كار به تبریز می‌رفت، او نیز از فرصت استفاده كرده، به همراه برادر راهی تبریز شد تا در آنجا تحصیلات خود را ادامه دهد. وی در فرصت زمانی اقامت خود در تبریز، «شرح لمعه»، «اصول» و «كلام» را در حوزه علمیه این شهر فراگرفت و پس از آن‌كه مجبور شد به زادگاه خود بازگردد، بازهم درس را رها نكرد و نزد دایی خود، حاج‌سیدمحسن میرغفاری آذرشهری، به تحصیل «رساله مكارم شیخ انصاری» مشغول شد. شیخ حسین در سن شانزده‌سالگی با دختر استاد خود، آیت‌الله حاج‌میرزامقدس تبریزی ازدواج نمود. ثمره این پیوند، پنج فرزند بود كه از این میان، سه فرزند او در اثر گرسنگی و بیماری درگذشتند. وی ‌نظر به علاقه شدیدی كه به تحصیل داشت، از هر فرصتی برای آموختن استفاده می‌كرد و حتی از فواصل استراحت در میان كار زراعی در این راستا بهره می‌جست و تا سن سی‌سالگی بر این منوال به تلاش خود ادامه داد.

مرحوم غفاری در سال 1323. ش، علی‌رغم مشكلات فراوان مالی، برای ادامه تحصیل راهی حوزه علمیه قم شد و در محضر اساتیدی چون آیت‌الله سیدمحمد‌حجت كوه‌كمره‌ای، آیت‌الله مرعشی‌نجفی، امام خمینی و علامه طباطبایی به كسب علم پرداخت. اقامت او در حوزه علمیه قم یازده‌سال به طول انجامید و در این مدت از محضر اساتید دیگری چون آیت‌الله فیض قمی و آیت‌الله سیدمحمدتقی خوانساری و آیت‌الله بروجردی بهره برد. هادی غفاری، فرزند او، در خاطرات خود می‌نویسد كه پدرش مدتی را نیز در حوزه علمیه نجف اشرف حضور یافته و از درس آیت‌الله حكیم و آیت‌الله خویی بهره‌مند شده است. آیت‌الله غفاری در ایام تعطیل حوزه علمیه قم، به زادگاه خود بازمی‌گشت و در آنجا به فعالیت های مذهبی مشغول می‌شد. اما در سال‌های 35ـ1334 به تهران آمد و در «مسجد الهادی» فعالیتهای اجتماعی و مذهبی خود را پی‌نهاد. از جمله اولین اقدامات اجتماعی او در تهران می‌توان به تعطیلی «باغ شارق» اشاره كرد كه به مركز فسق و فجور اشرار تبدیل شده بود. احیای مسجد «شیخ فضل‌الله نوری» در پشت ساختمان شهرداری تهران از دیگر اقدامات وی در این مدت به شمار می‌رفت. مبارزات سیاسی مبارزات سیاسی ‌آیت‌الله حسین غفاری از نیمه دوم سال 1341. ش آغاز شد. در جریان نهضت عمومی علما در این سال، آیت‌الله غفاری نیز در مسجد الهادی ـ كه امامت آن را برعهده داشت ـ سخنرانی هایی را علیه تصویب لایحه انجمن های ایالتی و ولایتی ایراد كرد و به همراه علمای تهران اعلامیه‌هایی را نیز امضا كرد كه در آن زمان، چاپ و توزیع شد. پس از آن‌كه محمدرضا پهلوی با طرح «انقلاب سفید» اصلاحات امریكایی خود را اعلام و بر مخالفت با مبانی مذهبی پافشاری‌كرد، علما و مراجع به رهبری امام خمینی(ره) عید نوروز سال 1342 را تحریم نمودند. آیت‌الله غفاری نیز به همراه سایر علمای تهران اعلامیه‌ای را در حمایت از این تحریم صادر كرد. مرحوم غفاری پس از وقایع مدرسه فیضیه قم و مدرسه طالبیه تبریز، در دوم فروردین ماه سال 1342 سخنرانی های شدیداللحنی را در مسجد الهادی ایراد نمود. ماموران انتظامی بعضا در جلسات سخنرانی او حاضر می‌شدند تا شاید او را از این طریق مرعوب سازند اما ایشان با آنها شدیدا برخورد می‌كرد. پس از سخنرانی تاریخی امام خمینی(ره) در عصر عاشورای سیزدهم خرداد 1342. ش، حكومت در واكنش به این سخنرانی، حضرت امام را در شب چهاردهم خرداد دستگیر نمود كه انتشار خبر آن باعث شكل‌گیری قیام تاریخی پانزدهم خرداد گردید. در این حادثه، همزمان با دستگیری امام، ساواك حدود هشتاد روحانی و از جمله آیت‌الله غفاری را نیز دستگیر و زندانی كرد كه تا چند روز پس از دستگیری هیچ‌كس از وضعیت او خبری نداشت. وی پس از چهل‌روز تحمل زندان به همراه سایر وعاظ و روحانیون سرانجام آزاد شد؛ اما این واقعه نه‌تنها در اراده او برای تداوم مبارزه خللی ایجاد نكرد، بلكه پس از آزادی، ایشان نیز به علمای مهاجر در شهر ری پیوست كه از سراسر ایران به آنجا آمده و در حمایت از آزادی امام خمینی(ره) تجمع كرده بودند. در همین ایام آیت‌الله غفاری تلگرافی را به آیت‌الله سیدمحمود طالقانی، مهندس بازرگان و دكتر سحابی مخابره كرد كه به دستگیری مجدد او در چهارم بهمن سال 1343 به اتهام اقدام بر ضد امنیت كشور و ارسال پرونده وی به دادستانی ارتش منجر شد. این‌بار نیز تا پانزدهم فروردین 1344 را در زندان سپری كرد.

غفاری پس از آزادی بلافاصله طی تلگرافی آیت‌الله‌العظمی مرعشی‌نجفی را از آزادی خود مطلع ساخت. آیت‌الله غفاری در مردادماه سال 1345 از حجت‌الاسلام محمدتقی فلسفی ـ واعظ مشهور ـ برای سخنرانی در مسجد الهادی دعوت كرد كه ساواك گزارش آن را به همراه آگهی های دعوت از مردم جهت شركت در این سخنرانی در پرونده آقای فلسفی درج كرده است. مرحوم غفاری، خود نیز در فرصت های مناسب به ایراد سخنرانی های انقلابی می‌پرداخت و ماموران ساواك گزارش های فراوانی را در این خصوص ثبت كرده‌اند. پس از شدت‌گرفتن فعالیت های انقلابی ایشان، سرانجام در تیرماه سال 1353 ساواك او را دستگیر و در ضمن بازرسی از منزل وی به تعداد زیادی اعلامیه دست یافت. در زندان، درخصوص این اعلامیه‌ها و نیز ارتباط با امام‌خمینی(ره) از ایشان بازجویی شد و مامور ساواك در پایان گزارش بازجویی خود چنین نظریه داده است: «در مجالس مذهبی به هنگام بیان احكام اسلامی از فرصت استفاده و اعمال خلفای بنی‌امیه را با وضع روز تشبیه نموده و بدین‌ترتیب اقدامات و اصلاحات حكومت پهلوی را تخطئه و با توسل به شواهد تاریخی مردم را نسبت به هیات حاكمه بدبین و علیه دولت تحریك نموده است.»

آیت‌الله غفاری سرانجام در زندان براثر شكنجه و فشارهای وارده در تاریخ ششم دی‌ماه 1353 به شهادت رسید. اداره ساواك دو روز پس از آن، در شانزدهم دی‌ماه خبر فوت ایشان را به خانواده وی اعلام و از آنان درخواست كرد كه بی‌سروصدا و بی‌آنكه به كسی چیزی بگویند برای تحویل جنازه به دادستانی ارتش مراجعه كنند. اما خانواده غفاری از امضای برگه فوت خودداری نمود و لذا اداره امنیت مجبور شد به منظور تدفین مخفیانه، جنازه او را شبانه به قم بفرستد اما طلاب و مردم قم از موضوع باخبر شده و به‌طرز باشكوهی در تشییع جنازه او در صبح روز هفتم دی‌ماه شركت كردند. در مسیر تشییع جنازه به سمت حرم حضرت معصومه‌(ع)، تعدادی از مراجع تقلید نیز به مردم پیوستند. حاضران در این مراسم شعارهایی نیز علیه حكومت سردادند كه به دستگیری تعدادی از طلاب منجر شد. چند روز بعد، آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی مراسم ختم باشكوهی را برای مرحوم آیت‌الله شیخ‌حسین غفاری در مسجد اعظم قم برگزار كرد.