ایشان از سال 92 حداقل در 10 جا از بیاناتشان به انحاء مختلف به خوش‌بین نبودن نسبت به مذاکرات تاکید کرده‌اند. با این حال برخلاف آنچه در برخی رسانه‌ها بازنمایی شد، هیچگاه این عدم خوش‌بینی نسبت به حصول یک توافق روی کاغذ مطرح نشده است بلکه درونمایه اصلی مطالب ایشان در این زمینه ناظر به این گزاره است که "نشست و برخاست و حرف زدن با آمریکایی ها، مطلقاً تأثیری در کم کردن "دشمنی" آنها ندارد و بدون فایده است."(دیدار مسئولان وزارت خارجه و سفرا و نمایندگی های ایران در خارج از کشور 22 مرداد 93)

رهبر انقلاب در طول دوران مذاکرات هسته‌ای، در توضیح‌ چرایی عدم خوش‌بینی به مذاکرات با آمریکایی‌ها، طی دیدارها و سخنرانی‌های متعدد و متنوع نکات مبسوطی مطرح کردند که از آن جمله می‌توان به موارد ذیل اشاره کرد:

- هدفشان از مذاکره پیدا کردن راه حل منطقی نیست، بلکه تحمیل نظراتشان است(اول فروردین 92 حرم رضوی)
- آمریکایی‌ها غیرقابل اعتماد، غیرمنطقی و ناصادق هستند(30 تیر 92 دیدار مسئولان نظام)
- مذاکره با آمریکا جز در موارد خاص نه تنها هیچ نفعی ندارد بلکه ضرر هم دارد(22 مرداد 93 دیدار مسئولان وزارت خارجه و سفرا و نمایندگی های ایران در خارج از کشور)
- مذاکره با آمریکا مشکلات ما را حل نمی‌کند(همان)
- از مذاکرات نه تنها فایده ای عاید نشد، بلکه لحن آمریکاییها تندتر و اهانت آمیزتر شد/ طلبکاریشان بیشتر شد(همان)
- آمریکایی ها پس از مذاکرات نه تنها دشمنیها را کم نکردند بلکه تحریمها را اضافه کردند(همان)
- اظهارات آمریکاییها نشان میدهد نمی شود به آنها اطمینان و اعتماد کرد(همان)
- نگرانم، چون طرف مقابل حیله‌گر است(21 اسفند 93 دیدار خبرگان)
- طرف مقابل بشدّت اهل فریب و دروغ و نقض‌عهد و حرکت در خلاف جهت صحیح است(20 فروردین 94 دیدار مداحان)
- من هیچ‌وقت نسبت به مذاکره‌ی با آمریکا خوش‌بین نبودم(همان)

اما علیرغم ارائه چنین تصویر روشنی از علت عدم خوش‌بینی به مذاکرات هسته‌ای با طرف آمریکایی‌، یک سوال شاید برای بعضی نخبگان و طیفی از افکار عمومی مطرح بود که اگر ایشان به این میزان نسبت به غیرقابل اعتماد بودن آمریکا و متحدان مستکبرش یقین دارند، پس موافقت با این مذاکرات و حمایت‌های مکرر از تلاش‌های تیم مذاکره‌کننده چه وجهی می‌تواند داشته باشد؟  پاسخ به این سوال نیز در بیانات متعدد ایشان در همان دوران مذاکرات به صورت واضح و صریحی مندرج است: "ایده دولت" و "تجربه‌ ملت"

از یک سو احمدی‌نژاد –هرچند به صورت آشکار اعلام نکرد- اما بویژه در 2 سال پایانی عمر دولت خود مشخصاً بر این باور بود که مذاکره مستقیم با آمریکا بخش مهمی از مشکلات را حل خواهد کرد و از سوی دیگر با انتخابات 92 دولتی بر سر کار آمده بود که این بار به وضوح ایده اصلی خود را بهبود اوضاع اقتصادی کشور از طریق گفتگو و تعامل با قدرت‌های بزرگ مادی –مشخصاً آمریکا- توصیف می‌کرد.

رهبر معظم انقلاب در تاریخ 28 بهمن 92 در دیدار جمعی از مردم آذربایجان درباره تأثیر این مسئله بر موافقت خود با مذاکرات هسته‌ای می‌فرمایند:‌ "بعضی از مسئولین و دولتمردان - دولتمردان آن دولت{دولت احمدی‌نژاد}، بعد هم دولتمردان این دولت{دولت روحانی} - فکر می‌کنند در قضیه‌ی هسته‌ای ما با آمریکایی‌ها مذاکره کنیم [تا] موضوع حل بشود؛ گفتیم خیلی خب، اصرار دارید شما، در این موضوعِ بالخصوص بروید مذاکره کنید؛ ولی در همان سخنرانی اول امسال گفتم من خوشبین نیستم؛ مخالفتی نمیکنم اما خوشبین نیستم. "

از سوی دیگر در پی نوع عملکرد رئیس‌جمهور بخصوص در 2 سال پایانی دولت احمدی‌نژاد و نیز تبلیغات انتخاباتی حجت‌الاسلام حسن روحانی و بویژه بر اثر یک سلسله عملیات روانی پیچیده،‌ حساب شده و طولانی دشمن در عرصه تبلیغاتی، گفتمانی در بخشی از ملت ایران شکل گرفته بود که گمان می‌کرد مذاکره با آمریکا درباره موضوع هسته‌ای حقیقتاً ممکن است بخش اعظم معضلات اقتصادی کشور را حل کند تا جایی که بارش باران نیز از نظر ذهنی به مذاکرات گره خورده بود!

رهبر معظم انقلاب به این موضوع در سخنرانی مهم  خود در تاریخ 12 آبان 1392 اشاره کرده و با یادآوری تجربه دیگری که در سال های 81 تا 83 درباره مذاکره با اروپایی‌ها بر سر همین موضوع هسته‌ای صورت گرفت، می‌فرمایند: " تجربه‌ای که در سال 82 و 83 در زمینه‌ی تعلیق غنی‌سازی انجام گرفت، که آن‌وقت تعلیق غنی‌سازی را در مذاکرات با همین اروپایی‌ها، جمهوری اسلامی برای یک مدّتی پذیرفت. خب ما دو سال عقب افتادیم، لکن به نفع ما تمام شد. چرا؟ چون فهمیدیم که با تعلیق غنی‌سازی، امید همکاری از طرف شرکای غربی مطلقاً وجود ندارد. اگر ما آن تعلیق اختیاری را - که البتّه به‌نحوی تحمیل شده بود، لکن ما قبول کردیم، مسئولین ما قبول کردند - آن روز قبول نکرده بودیم، ممکن بود کسانی بگویند خب یک ذرّه شما عقب‌نشینی می‌کردید، همه‌ی مشکلات حل میشد، پرونده‌ی هسته‌ای ایران عادی می‌شد. "

رهبر معظم انقلاب همین مبنا را درباره مذاکرات هسته‌ای پس از سال 92 نیز مطرح و تاکید می‌کنند که درباره مذاکرات جدید هسته‌ای نیز علیرغم اینکه خوش‌بین نیستم،‌اما موافقت می‌کنم چرا که "این تجربه ظرفیّت فکری ملّت ما را بالا خواهد برد."

ایشان در تاریخ 19 دی 92 یعنی چندین هفته پس از توافقنامه ژنو و آشکار شدن بدعهدی‌های آمریکا حتی در اجرای این توافق موقت، به تجربه‌ای که اندک اندک می‌رود تا بین "همگان" شکل‌ بگیرد اشاره کرده و فرمودند "آشکار شدن دشمنی آمریکا با ایران و ایرانی و با اسلام و مسلمین و مدلل شدن آن برای همگان از برکات مذاکرات اخیر بود"

به هر صورت، پس از  حدود 2 سال کش‌وقوس تیم‌های مذاکره‌کننده ایران و 5+1 نهایتاً توافقنامه برجام در وین به امضای طرفین رسید؛ توافقنامه‌ای که منتقدین در داخل ایران ایرادات بسیار جدی نسبت به متن و فرامتن آن وارد کردند. سرانجام این توافقنامه با شروطی که مجلس شورای اسلامی به آن الحاق کرد و نیز شروط 9 ماده‌ای بسیار مهمی که رهبر معظم انقلاب در تایید مصوبه شورای عالی امنیت ملی به برجام تاکید کردند، به مرحله اجرا درآمد. در مرحله اجرا، عهدشکنی‌های گسترده‌ای توسط طرف مقابل ظهور کرد و علیرغم اجرای تمام تعهدات ایران طبق برجام که آژانس بین‌المللی انرژی اتمی نیز این اقدامات را تایید کرده، "تقریباً هیچ" ثمری از لغو تحریم‌ها که فلسفه وجودی مذاکرات بود نصیب مردم ایران نشد. 

با این حال به نظر می‌رسد، تجربه‌ای که مهمترین هدف رهبر معظم انقلاب اسلامی از صدور مجوز برای مذاکرات هسته‌ای بود، هم برای دولت و هم برای ملت در حال شکل‌گیری است. برخی شخصیت‌های دولتی‌ احتمالا پی برده‌اند که راه پیشرفت از اتکا به ظرفیت‌های داخلی می‌گذرد و شاید بر همین مبناست که اسحاق جهانگیری معاون اول رئیس‌جمهور این روزها جلسات ستاد فرماندهی اقتصاد مقاومتی را جدی‌تر گرفته است. اما این تجربه برای ملت ملموس‌تر است؛ هرچه هم برخی شخصیت‌ها در داخل از ثمرات متافیزیکی و غیرقابل دسترس برجام در داخل بگویند، مردم به صورت وجودی و انضمامی مفهوم "تقریباً هیچ" را درک می‌کنند. برجام، یقیناً تجربه‌ای است گران که به قیمت از دست دادن برخی مولفه‌های قدرت ملت ایران در عرصه فناوری هسته‌ای تمام شده است؛ با این حال این تجربه، یقیناً به این قیمت‌ها می‌ارزد.

در همین باره رهبر انقلاب چندی پیش در ضمن بیاناتشان در مراسم سالگرد ارتحال بنیانگذار کبیر انقلاب اسلامی، با اشاره به شکل‌گیری تجربه برجام، تاکید کردند: "یک تجربه‌ای ما در مذاکرات هسته‌ای پیدا کردیم؛ این تجربه را نباید فراموش کنیم. این تجربه این است که اگر ما تنازل هم بکنیم، آمریکا دست از نقش مخرّب خودش برنمیدارد؛ این را ما در مذاکرات هسته‌ای تجربه کردیم. ما نشستیم در جمع 1+5، و حتّی جداگانه با آمریکایی‌ها مذاکره کردیم برای قضیّه‌ی هسته‌ای؛ برادران ما، فعّالان پرتلاش ما به یک نقاط مشترکی رسیدند، به یک نتایجی رسیدند؛ طرف -که آمریکا باشد- یک تعهّداتی کرد؛ جمهوری اسلامی تعهّدات خودش را انجام داد، [ولی‌] آن طرفِ بدقولِ بدعهدِ بدحساب دارد دبّه میکند؛ تا الان دبّه کرده است. خیلی خب، این یک تجربه است، این شد تجربه. حالا خیلی‌ها قبل از این تجربه هم میدانستند امّا بعضی هم که نمیدانستند، حالا بدانند: در هر زمینه‌ی دیگری هم که با آمریکا شما بحث و مجادله کنید، شما کوتاه بیایید، تنازل کنید، باز او نقش مخرّب خودش را حفظ خواهد کرد"