به گزارش مشرق به نقل از فارس، شهيد مطهري يکسال قبل از پيروزي انقلاب اسلامي در نامه‌اي به امام خميني(ره) با اشاره به آفت‌هاي موجود در راه انقلاب پرداختن به تفکر ايراني را يکي از اين آفت‌ها ارزيابي مي‌کند.

شهيد مطهري در اين نامه امام را استاد و مقتداي خود خوانده و با اشاره به التقاط سازمان منافقين در بخشي از اين نامه مي‌نويسد: .... به اصطلاح گروه مسمي به «مجاهدين» است. اينها در ابتدا يک گروه سياسي بودند ولي تدريجا به صورت يک انشعاب مذهبي دارند در مي‌آيند، درست مانند خوارج که در ابتدا حرکتشان يک حرکت سياسي بود، بعد به صورت يک مذهب با يک سلسله اصول و فروع درآمدند. کوچکترين بدعت اينها اين است که به قول خودشان به "خودکفايي " رسيده‌اند و هر مقام روحاني و مرجع ديني را نفي مي کنند؛ از همين جا مي‌توان تا آخر خواند. ديگر اينکه در عين اظهار وفاداري به اسلام، کارل مارکس لااقل در حد امام جعفر صادق عليه‌السلام نزد اينها مقدس و محترم است.

شهيد مطهري همچنين نسبت به تشکيل تفکراتي که بعدها به تشکيل گروهک فرقان منجر شد اشاره مي‌کند و مي‌نويسد: ... اخيرا مي‌بينم گروهي که علاقه وعقيده درست به اسلام ندارند و گرايشي انحرافي دارند با دسته‌بندي‌هاي وسيعي در صدد اين هستند که از او[دکتر شريعتي] بتي بسازند که هيچ روحاني جرات اظهار نظر در گفته‌هاي او را نداشته باشد.

اين شهيد بزرگوار مي‌افزايد: عجبا! مي‌خواهند با انديشه‌هايي که چکيده افکار ماسينيون مستشار وزارت مستعمرات فرانسه در شمال آفريقا و سرپرست مبلغان مسيحي در مصر و افکار گرويچ يهودي ماترياليست و انديشه‌هاي ژان پل سارتر اگيستانسياليست ضد خدا و عقايد دورکهايم جامعه‌شناس ضدمذهب است، اسلام بسازند، پس و علي الاسلام سلام.

شهيد مطهري همچنين در بخش ديگري از اين نامه با اشاره به تفکري که امروز موسوم به «مکتب ايراني» است با اشاره به سلسله مقالاتي در کيهان آن روزها مي‌نويسد: درباره مليت ايراني (و مستقلا ماشين شده و در حقيقت فلسفه‌اي بود براي مليت ايراني و قطعا تاکنون تا حدي از مليت ايراني به اين خوبي و مستند به يک فلسفه امروز پسند دفاع نکرده است. شايسته است نام آن را «فلسفه رستاخيز») بگذاريم. خلاصه اين مقالات که يک کتاب مي‌شود، اين بود که ملاک مليت، خون و نژاد که امروز محکوم است، نيست؛ ملاک مليت، فرهنگ است و فرهنگ به حکم اينکه زاده تاريخ است نه چيز ديگر، در ملت‌هاي مختلف، مختلف است؛ فرهنگ هر قوم فرهنگ آن قوم است؛ هر قوم که فرهنگ مستمر نداشته نابود شده است؛ ما ايرانيان فرهنگ دو هزار و پانصد ساله داريم که ملاک شخصيت وجودي ما و من واقعي ما و خويشتن اصلي ماست، در طول تاريخ حوادثي پيش آمد که خواست ما را از خود واقعي ما بيگانه کند ولي در طول تاريخ حوادثي پيش آمد که خواست ما را از خود واقعي ما بيگانه کند ولي ما هر نوبت به خود آمديم و به خود واقعي خود بازگشتيم، آن سه جريان عبارت بود از حمله اسکندر، حمله عرب، حمله مغول، در اين ميان بيش از همه درباره حمله عرب بحث کرده و نهضت شعوبيگري را تقديس کرده است، آنگاه گفته اسلام براي ما ايدئولوژي است و نه فرهنگ؛ اسلام نيامده که فرهنگ ما را عوض و فرهنگ واحدي به وجود آورد، بلکه تعدد فرهنگ‌ها را به رسميت مي‌شناسد همان طوري‌که تعدد نژادي را يک واقعيت مي‌داند؛ آيه کريمه «اِنّا خَلَقناکُم مِن ذَکَرٍ وَ اُنثي وَ جَعَلناکُم شُعوباً وَ قَبائِلَ...» ناظر به اين است که اختلافات نژادي و اختلافات فرهنگي که اولي ساخته طبيعت است و دومي تاريخ، بايد به جاي خود محفوظ باشد؛ ادعا کرده است که ايدئولوژي ما روي فرهنگ ما اثر گذاشته و فرهنگ ما روي ايدوئولوژي ما، لهذا ايرانيت اسلامي شده است و اسلام ما اسلام ايراني شده است.

شهيد مطهري مي‌افزايد: اين بيان عملا و ضمنا، نه صريحا فرهنگ واحد به نام فرهنگ اسلامي را انکار کرده است و صريحا شخصيت‌هايي نظير بوعلي و ابوريحان و خواجه نصيرالدين و ملاصدار را وابسته به فرهنگ ايراني دانسته است؛ يعني فرهنگ اينها ادامه فرهنگ ايراني است، اين مقالات بسيار خواندي است؛ در انتساب آنها به او [دکتر شريعتي] شکي نيست، به بعضي‌ها مثل آقاي خامنه‌اي و آقاي بهشتي گفته مال من است، ولي مدعي شده که من اينها را چندين سال پيش نوشته‌ام و اينها را پيدا کرده و چاپ کرده‌اند؛ در صورتي که دلائل به قدر کافي هست که مقالات، جديد است. به هر حال مطالعه حضرتعالي بسيار مفيد است.

بنابر اين گزارش امام خميني(ره) البته به اين نامه طولاني جوابي ندادند و آن را بي‌پاسخ گذاشتند و در همين حال شهيد مطهري که در اين نامه از امام کسب تکليف کرده بود نيز در اين باره سکوت اختيار مي‌کند.
حجت الاسلام معلمي از استادان حوزه و دانشگاه درباره دليل سکوت امام و عدم پاسخ به نامه شاگردش مي‌گويد: در جريان نقد انديشه‌هاي دکتر شريعتي، بعضي از اساتيد، بدون در نظر گرفتن شرايط و مصالح، شروع به نقد افکار وي کردند و کاري نداشتند که آيا اين کار در حال حاضر به نفع اسلام و دانشگاه هست يا نه، اما شهيد مطهري اين کار را نکرد بلکه نامه‌اي به اين مضمون که مطالب دکتر شريعتي مشکل دارد، به امام نوشت و کسب تکليف کرد، امام پاسخ نامه را نداد، لذا ايشان متوجه شد که تکليف فعلي سکوت است ولي برخي ديگر از اساتيد سکوت نکردند و باعث شدند که امام از آنها گله‌مند شود، چرا که امام اين کار را به‎مصلحت وقت نمي‌دانست. زيرا دکتر شريعتي در دانشگاه‌ها خيلي نفوذ داشت و نقد او در آن زمان، باعث جدايي حوزه از دانشگاه مي‌شد و به اتحاد حوزه و دانشگاه ضربه مي‎زد و بيشترين منفعت را رژيم ستم‎شاهي مي‌برد لذا امام در سخنراني خود اظهار کردند که من از دو گروه گله دارم يکي از دانشگاهياني که روحانيت را قبول ندارند و يکي روحانيوني که دانشگاهيان را از خود طرد مي‌کنند. در اين جريان مي‌بينيم که استاد مطهري چقدر تابع امام بود و از اول، سکوت اختيار کرده بود.