به گزارش مشرق، شریان‌های حیاتی این تالاب ۲۰ هزار هکتاری که از زیباترین و بزرگترین زیستگاه‌های طبیعی جانوری بوده با ورود انواع فاضلاب و پساب‌های خانگی و صنعتی، گیاه مهاجم سنبل آبی و آزولا، انباشت رسوبات، عدم اجرای طرح های مدیریت جامع حوزه آبخیز، عدم تحویل حقابه و کاهش تراز آب دریای خزر قطع شده است .به گفته استاندار گیلان یکی از مشکلات مهم تالاب بین‌المللی انزلی ورود روزانه حدود ۳۸۰ هزار مترمکعب فاضلاب به این تالاب است ، که اثرات زیست محیطی بسیاری بر پیکره تالاب انزلی وارد کرده است.

تالاب زیبای انزلی با این حال هنوز یکی از مقاصد مهم گردشگری گیلان و دریای خزر است که سالانه پذیرای مسافران بسیاری از اقصی نقاط کشور است.