
يکي از ويژگيهاي اين مدرسه به کارگيري اعداد مقدس در ساخت آن است به اين ترتيب که مدرسه داراي پنج مَدرَس (محل تدريس) به نيت عدد مقدس پنج تن (ع) است که يکي از اين مدرسها متعلق به ملاصدرا و چهار مدرس ديگر براي سايرين بود.
مجموعه دو اتاق موجود در اين مدرسه در کنار اتاقهاي درس خارج، در جمع عدد 14 را به نيت چهارده معصوم (ع) تشکيل مي دهد.
سردر مدرسه داراى طاقى ضربى و پوشيده از کاشيهاى رنگى است که با تصاوير گل و ترنج تزيين و در زير سقف طاق نيز با کاشيهاى معرق رنگين تزيين شده است. بدنه، پيشانى، جرزها و بخشى از ديوارهاى دو طرف طاق پوشيده از کاشيهاي رنگين و داراى طرح هاى گل و بوته و اسليمى متفاوتى است.
بر روى اين کاشيها و در ميان ترنجها، طرح هاى مختلفى از تصاوير پرندگان، گلها، درختان و خطوط اسليمى بر روى زمينه هاى مختلف وجود دارد و مدرسه خان با شماره 75 در فهرست آثار ملى به ثبت رسيده است.
ملاصدرا زماني که به شيراز مراجعت کرد در اين مدرسه به تدريس پرداخت و آن زمان بود که اين مدرسه به عنوان يکي از مهمترين مراکز علمي ايران مطرح شد.
شهرداري شيراز چندي پيش اعلام کرد که قصد دارد تنديس ملاصدرا را در باغ جهان نماي شيراز نصب کند .