بهارستان‌نشینان در ماده 5 این طرح که پیش از این برای بررسی بیشتر به کمیسیون ارجاع شده بود، مقرر کردند سنجش و پذیرش دانشجو در مقطع دکترای ناپیوسته بر حسب هر یک از شیوه‌های «آموزشی پژوهشی» و «پژوهش‌محور» به شرح زیر انجام می‌شود:

الف- دکترای آموزشی- پژوهشی: سنجش و پذیرش برای ورود به دوره دکترای ناپیوسته آموزشی - پژوهشی براساس معیارهای زیر صورت می‌گیرد:

1- آزمونهای متمرکز 50 درصد

2- سوابق آموزشی، پژوهشی و فناوری 20 درصد

3- مصاحبه علمی و سنجش عملی 30 درصد

ب- دکترای پژوهش‌محور: سنجش و پذیرش برای دوره دکترای ناپیوسته پژوهش‌محور براساس معیارهای زیر صورت می‌گیرد:

1- آزمون‌های متمرکز 30 درصد

2- سوابق آموزشی، پژوهشی و فناوری 20 درصد

3- مصاحبه علمی و بخش عملی 30 درصد

4- تهیه طرح‌واره 20 درصد 

بهارستان‌نشینان در تبصره نخست این ماده مصوب کردند برگزاری آزمون‌های متمرکز زیر نظر هر یک از وزارتین و از طریق سازمان سنجش آموزش کشور و مرکز سنجش آموزش وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی برگزار می‌شود. شورا می‌تواند با لحاظ بند ت ماده یک از ظرفیت دانشگاه‌های کشور اعم از دولتی و غیردولتی در برگزاری آزمون متمرکز استفاده کند.

وکلای ملت در تبصره 2 نیز هر یک از وزارتین را مکلف کردند در چارچوب آمایش آموزش عالی کشور، سالانه نسبت به تعیین سقف ظرفیت مجاز پذیرش دانشجو برای تمامی رشته محل‌های مورد تایید شورای گسترش خود اقدام کنند. 

نمایندگان همچنین در تبصره 3 مصوب کردند طرح‌واره موضوع بند 4 دکترای پژوهش‌محور باید در جهت رفع یکی از مشکلات ملی باشد و به تصویب دستگاه اجرایی ذیربط رسیده باشد. 

براساس مصوبه مجلس در تبصره 4 این ماده نیز مقرر شد شورای سنجش و پذیرش دانشجو می‌تواند هر 3 سال یک بار نسبت به اضافه کردن معیارهای دیگر و تعدیل حداکثر 10 درصد معیارهای موجود اقدام کند. زمان اعمال این تغییرات حداقل یک سال پس از اعلام عمومی آن است.

نمایندگان مجلس در ادامه این جلسه با ارجاع مجدد ماده الحاقی طرح مذکور به کمیسیون آموزش و تحقیقات برای بررسی بیشتر موافقت کردند.

در این ماده سهمیه‌های دوره‌های تحصیلات تکمیلی مورد بحث قرار گرفته بود.