استویچکوف با وجود بلغارستانی بودنش تعلق خاطر خاصی به ایالت کاتالونیا دارد و به دنبال حوادث رخ داده اخیر در این ایالت در روز برگزاری همه‌پرسی استقلال از مقامات دولت اسپانیا انتقاد و درباره ماریا ثریا سانئس اظهارات جنجالی را عنوان کرد.

استویچکوف با متهم کردن سائنس به اعمال سیاست‌های دیکتاتوری، او، پدر، پدربزرگ و همچنین پسرش که هنوز به سن قانونی نرسیده است را «فرانکیست» (طرفداران ژنرال فرانکو، دیکتاتور سابق اسپانیا) توصیف کرد. او در بخشی دیگر از صحبت‌هایش در شهر میامی آمریکا، مدعی شد که سائنس و همکارانش نیروهای پلیس را برای ضرب و شتم و دستگیری مردم بیگناه به کاتالونیا اعزام کرده است. استویچکوف گفت: دولت اسپانیا مایه شرم است و به همین دلیل در دنیا منزوی شده است.

اکنون طبق اعلام منابع نزدیک به کابینه دولت اسپانیا، سائنس علیه استویچکوف شکایت و اعاده حیثیت کرده است. اظهارات استویچکوف درباره سائنس به نقشی که پدر او برای سرکوب معترضان رژیم ژنرال فرانکو در دوران جنگ داخلی اسپانیا ایفا کرد، اشاره داشت.

ستاره سابق فوتبال بلغارستان که جزو بازیکنان دهه 90 بارسلونا بود، یکی از طرفداران پر و پا قرص استقلال ایالت کاتالونیا است که فعالیت‌هایش برای محقق شدن این هدف را از سال‌ها پیش آغاز کرده است. او تا حدی به کاتالونیا تعصب داشت که یک بار پس از بازی بارسلونا در ورزشگاه ومبلی لندن با پرچم این ایالت از ورزشگاه خارج شد و بازوبندی کاپیتانی‌اش در تیم ملی بلغارستان هم به رنگ‌های پرچم کاتالان‌ها بود، همان بازوبندی که در زمان مصاحبه‌اش علیه سائنس در میامی هم به بازویش بسته بود.