اقدام  وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در حذف بیش از 30 درصد از رشته‌محل‌های دوره‌ کارشناسی‌ارشد دانشگاه آزاد اسلامی، باعث بلاتکلیفی دانشجویان و اساتید این دانشگاه و داوطلبان کارشناسی‌ارشد در ایام انتخاب رشته شده است.

وزارت‌ علوم ادعا می‌کند رشته‌محل‌های این دانشگاه باید از طریق شورای گسترش این وزارتخانه تصویب شود. مسئولان دانشگاه آزاد اسلامی نیز معتقدند این دانشگاه طبق قانون مصوب مجلس شورای اسلامی، رشته‌های‌محل‌های مذکور را در هیئتی سه‌نفره با حضور نماینده وزارت علوم، دانشگاه آزاد و شورای عالی انقلاب فرهنگی تصویب کرده است.