به گزارش مشرق،  شهید آیت‌الله سید محمدباقر صدر و خواهرش بنت‌الهدی در ١٩ فروردین ١٣۵٩ به شهادت رسیدند، اما تا مدت‌ها خبر دقیق و معتبری از شهادت ایشان در دسترس نبود. تا اینکه با گذشت بیش از ده روز و بنا بر گزارش‌های مختلف خبر شهادت ایشان قطعی شد. امام خمینی (ره) در روز ٢اردیبهشت ۵٩ در اقدامی بی‌مانند برای شهادت شهید محمدباقر صدر و خواهر مظلومه‌اش سه روز عزای عمومی و یک روز تعطیل سراسری اعلام نمود؛‌ و این کاری بود که امام خمینی (ره) به‌رغم روید‌ادهای سخت فراوان در دوران انقلاب و ازدست‌دادن بزرگان بسیاری در جمهوری اسلامی جز برای شهید صدر انجام نداد. این اقدام بی‌نظیر از سوی امام خمینی ره نشان از جایگاه ویژه شهید صدر در جهان اسلام و به‌ویژه انقلاب اسلامی ایران دارد.

 متن پیام امام خمینی ره بدین شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
انا للَّه و انا الیه راجعون
با کمال تأسف حسب گزارش جناب آقای وزیر خارجه که از منابع متعدده و مقامات کشورهای اسلامی به دست آورده است و حسب گزارشاتی که از منابع دیگر به دست آمد، مرحوم آیت الله شهید سیدمحمد باقر صدر و همشیره مکرمه مظلومه او - که از معلمین دانش و اخلاق و مفاخر علم و ادب بود - به دست رژیم منحط بعث عراق با وضع دلخراشی به درجه رفیعه شهادت رسیده‌‌اند. شهادت ارثی است که امثال این شخصیت‌های عزیز از موالیان خود برده‌اند و جنایت و ستمکاری نیز ارثی است که امثال این جنایتکاران تاریخ از اسلاف ستم‌پیشه خود می‌‌برند.

شهادت این بزرگواران که عمری را به مجاهدت در راه اهداف اسلام گذرانده‌‌اند به دست اشخاص جنایتکاری که عمری به خونخواری و ستم‌پیشگی گذرانده‌‌اند عجیب نیست؛ عجب آن است که مجاهدان راه حق در بستر بمیرند و ستمگران جنایت‌پیشه، دست خبیث خود را به خون آنان آغشته نکنند. عجب نیست که مرحوم صدر و همشیره مظلومه‌‌اش به شهادت نایل شدند؛ عجب آن است که ملت‌های اسلامی و خصوصاً ملت شریف عراق و عشایر دجله و فرات و جوانان غیور دانشگاه‌ها و سایر جوانان عزیز عراق از کنار این مصایب بزرگ که به اسلام و اهل بیت رسول الله - صلی الله علیه و آله - وارد می‌‌شود بی‌‌تفاوت بگذرند و به حزب‌ ملعون بعث فرصت دهند که مفاخر آنان را یکی‌پس‌از‌دیگری مظلومانه شهید کنند. و عجب‌تر آنکه ارتش عراق و سایر قوای انتظامی آلت دست این جنایتکاران واقع شوند و در هَدم اسلام و قرآن کریم به آنان کمک کنند.

من از رده بالای قوای انتظامی عراق مأیوس هستم؛ لکن از افسران و درجه‌داران و سربازان مأیوس نیستم و از آنان چشم‌داشت آن دارم که یا دلاورانه قیام کنند و اساس ستم‌کاری را برچینند همان سان که در ایران واقع شد؛ و یا از پادگان‌ها و سربازخانه‌‌ها فرار کنند و ننگ ستم‌کاری حزب بعث را تحمل نکنند. من از کارگران و کارمندان دولت غاصب بعث مأیوس نیستم؛ و امیدوارم که با ملت عراق دست به دست هم دهند و این لکه ننگ را از کشورعراق بزدایند. من امیدوارم که خداوند متعال بساط ستمگری این جنایتکاران را درهم پیچد.

اینجانب برای بزرگداشت این شخصیت علمی و مجاهد، که از مفاخر حوزه‌‌های علمیه و از مراجع دینی و متفکران اسلامی بود، از روز چهارشنبه سوم اردیبهشت به مدت سه روز عزای عمومی اعلام می‌کنم، و روز پنجشنبه چهارم اردیبهشت را تعطیل عمومی اعلام می‌نمایم، و از خداوند متعال خواستار جبران این ضایعه بزرگ و عظمت اسلام و مسلمین می‌باشم.

والسلام علی عبادالله الصالحین.
  دوم اردیبهشت ۵۹
  روح الله الموسوی الخمینی