به گزارش مشرق به نقل از پارسینه، ابراهیم، در قیام مختار بن ابی عبیده ثقفی، موقعیت مهمی بر عهده داشت و نام آورترین مرد این قیام، پس از مختار بود و از سوی مختار در شمال عراق، با سپاهیان شام به جنگ بزرگی پرداخت و پیروزی های فراوانی بدست آورد و عبیدالله بن زیاد را در آن نبرد به هلاكت رسانید و انتقام خون شهدای كربلا را از سپاهیان شام گرفت.

ابراهیم بعد از اتمام كار از موصل به نصیبین رفت و كارگزاران خود را به نواحی مختلف جزیره فرستاد.

گویا ابراهیم در ادامه كار از نهضت مختار كناره گرفته بود، از این­رو در پی حادثه حمله مصعب بن زبیر در پیوستن به مختار تعلل و سستی می­ورزید.

و حتی گفته شده به نامه­ های مكرر و پشت سر هم مختار پس از شكست اولیه­اش از قوای مصعب، توجهی نكرده، نزد او باز نگشت.

از این­رو شاید بتوان حضور نداشتن ابراهیم در كوفه را از دلایل عمده شكست مختار از سپاه مصعب بن زبیر برشمرد و نیز ممكن است بتوان گفت، همین كناره­گیری او از مختار باعث شده بود كه بعد از شهادت مختار مصعب بن زبیر از یك سو و عبدالملك مروان از سوی دیگر در او طمع ببندند تا ابراهیم را كه مردی پر نفوذ و مدیر بود، را با خود همراه سازند؛ از این­رو مصعب نامه­ای به ابراهیم نوشته به او وعده داد كه در صورتی كه حكومت ابن­زبیر را بپذیرد، امارت مناطق شمالی عراق را به او می­سپارد نامه­ ی مشابهی نیز از سوی عبدالملك مروان -خلیفه اموی شام- به دست ابراهیم رسید.

وی پس از قتل مختار بن ابی عبیده ثقفی به دست سپاهیان عبدالله بن زبیر، از دو جناح متخاصم باقیمانده، یعنی سپاه شام به فرماندهی عبدالملك بن مروان و سپاه حجاز و عراق به فرماندهی عبدالله بن زبیر، دعوت به همكاری شد.

ولی او ترجیح داد كه به سپاه عبدالله بن زبیر بپیوندد، تا هدف های خویش را در ریشه كن كردن شجره خبیثه بنی امیه، جامه عمل بپوشاند.

پس از پیوستن ابراهیم بن مالك اشتر به مصعب، برادر عبدالله بن زبیر در عراق، شامیان به وحشت افتاده و برای جنگ با آنان به سوی عراق هجوم آوردند. سرانجام دو سپاه در غرب عراق و در ناحیه مِسكن، در كنار نهر دُجیل، در نزدیكی سامرا، به هم رسیده و به نبرد خونین پرداختند.

در این جنگ خونین، سپاهیان شام به فرماندهی عبدالملك بن مروان پیروز شده و سپاهیان عراق را به هزیمت و شكست بزرگ واداشتند و در نتیجه تعدادی از سپاهیان عراقی، از جمله ابراهیم بن مالك اشتر نخعی، مصعب بن زبیر (فرمانده سپاه و عامل عبدالله بن زبیر در عراق)، عیسی فرزند مصعب بن زبیر و مسلم بن عمرو باهلی كشته شدند و عبدالملك بن مروان، خونریزی بزرگی به راه انداخت و پس از آن، كوفه و سایر شهرهای عراق را به تصرف خویش درآورد.

عبدالملك قبل از این كه به جنگ مصعب بیاید، با نامه هایی فرماندهان و فرمانداران او را تطمیع كرد. از جمله برای ابراهیم نیز نامه ای نوشت و به او قول حكومت عراقین را داد. ابراهیم نامه را به مصعب نشان داد و گفت: یقیناً او برای بقیه فرماندهان نیز چنین نامه هایی نوشته؛ آن ها را فرابخوان و اگر قول مساعد داده اند، گردن آنان را بزن. مصعب چنین نكرد و خود را برای جنگ آماده ساخت.

 عبدالملك نیز لشكری به فرماندهی برادرش محمد بن مروان، به جانب عراق گسیل داشت و سپاه دیگری برای جنگ با عبداللّه بن زبیر به مكه فرستاد. دو لشكر محمد بن مروان و ابراهیم در «اوانا» نزدیك نهر «دجیل» در دیر «جاثلیق» در «مسكن» نزدیك بغداد رو به رو شدند. ابراهیم به مصعب گفته بود كه عتاب بن ورقاء را به كمكش نفرستد؛ زیرا او منافق است و با عبدالملك مكاتبه دارد؛ اما علی رغم توصیه ابراهیم، مصعب، عتاب بن ورقاء را به لشكر ابراهیم ملحق كرد. در لحظات حساس جنگ، عتاب بن ورقاء فرار كرد و عدّه زیادی را هم فراری داد. بدین ترتیب ابراهیم در محاصره افتاد.

ناگهان با نیزه ها به طرف او هجوم بردند.و او را كه به شدت مقاومت می كرد؛ به قتل رساندند. آن گاه قاتل ابراهیم، عبیدبن میسره، یكی از غلامان قبیله بنی عذره، سر ابراهیم را جدا كرد و برای عبدالملك بردند و سپس غلامان «حصین بن نمیر» به سبب كینه ای كه از ابراهیم داشتند، بدن این قهرمان خستگی ناپذیر را با آتش سوزاندند

قتل ابراهیم بن مالك اشتر، مصعب بن زبیر و سایر فرماندهان عراقی، در پانزدهم و به روایتی در سیزدهم جمادی الاول، سال 72 و به روایتی سال 71 هجری قمری واقع گردید.

منابع روایی شیعه و سنی از ابراهیم بن مالك اشتر به عنوان یكی از روات حدیث نام برده­اند. او یكی از راویان روایت­های پدرش مالك بن اشتر برشمرده شده، روایت­هایی را از او نقل كرده است كه حدیث وفات ابوذر در ربذه از آن جمله است.