بر اساس گزارش تفریغ بودجه سال 1393، از مبلغ 4800 میلیارد تومان اعتبار مصوب این بخش، صرفا 2840 میلیارد تومان بابت اجرای طرح تحول سلامت اختصاص یافته است.

از این مبلغ نیز رقم 2769 میلیارد تومان با هدف تحقق شاخص عدالت در سلامت و کاهش هزینه‌های مستقیم مردم در اختیار وزارت بهداشت قرار گرفته و مبلغ 70 میلیارد تومان با هدف بیمه نمودن افراد فاقد بیمه پایه سلامت در اختیار سازمان بیمه سلامت قرار گرفته است.

گزارش دیوان محاسبات نشان می‌دهد وزارت بهداشت از اعتبار مذکور و در راستای اجرای طرح تحول سلامت، مبلغ 5 میلیارد تومان را به سازمان بیمه سلامت داده و 2712 میلیارد تومان را به دانشگاه‌های علوم پزشکی و واحدهای درمانی پرداخت نموده است.

با این حال، اعتبار اعطایی به دانشگاه‌های علوم پزشکی و واحدهای درمانی تا پایان سال گذشته مصرف نشده و بخشی از وجوه مذکور به سال بعد منتقل شده است.

با این حال دیوان محاسبات تصریح کرده عدم واریز مانده وجوه مصرف‌نشده به حساب وزارت بهداشت و عدم پیگیری وزارتخانه برای تسویه تنخواه‌گران پرداختی به دانشگاه‌های علوم پزشکی، مبین عدم رعایت قوانین و مقررات مربوط است.

به عنوان مثال، 285 میلیون تومان از بودجه اختصاص داده شده به دانشگاه علوم پزشکی تبریز صرف پرداخت حقوق هیات علمی، حق آنکال، حق محرومیت از مطب، کمک‌هزینه ازدواج، هزینه بیمه و اجاره شده است.

بخش قابل تأمل گزارش دیوان محاسبات آنجاست که اعلام می‌کند 19.5 میلیارد تومان از اعتبار طرح تحول سلامت در ستاد مرکزی وزارت بهداشت غلاوه بر آنکه خرج آموزش، تبلیغات، قرارداد کار با اشخاص حقیقی و مأموریت‌های داخل و خارج شده است، برای خرید انواع هدایا، هزینه‌های اداری، خرید 13 دستگاه خودرو سواری و... هزینه شده که بیانگر تخلف از قوانین و مقررات مربوط است.