ماکروویو شاید ب غذا خوردن و صرفه جویی دروقت کمک به سزایی کند اما مضرات آن باعث می شود تا حتی سالم ترین غذاها نیز الوده شوند و خوردن آن ها باعث بروز بیماری های در بدن ما شود. از جمله مضراتی که می توان برای ماکروویو بیان کرد:

* پخت غذا در ماكروويو باعث كاهش 60 تا 90 درصدي انرژي حياتي غذا و ايجاد عوامل سرطان زا در شير و غلات، تغيير در عناصر غذايي، اختلال در هضم غذا و ايجاد راديكالهاي آزاد در سبزيها ميشود. این بدین معنی است که عملا شما با پخت و یا گرم کردن مواد در ماکروویو هیچ چیز مفیدی در آن ها باقی نمیگذارید.
* امواج مایکروویو علاوه بر ضایعات مواد غذایی، ممکن است به افراد نیز برخورد کرده و سبب آسیبهایی در بدن آنها شود. برخی از محققان معتقدند شرط احتیاط آن است که از این روش پخت به طور دائم و همیشگی استفاده نشود.
* براساس برخی مطالعات، ارتعاشات شدید میکروویو موجب پاره شدن دیواره ی سلول های غذاها و به هم ریختن ساختمان ظریف برخی مواد غذایی از جمله ویتامین ها شده و آن ها را به سرعت از بین می برد.
* نمی توان از هر نوع ظرفی در اجاق های ماکروویو استفاده کرد. زیرا برخورد امواج با سطح فلزات، ممکن است موجب ایجاد شعله و آتش سوزی و حتی انفجار دستگاه شود. اکنون ظروف فلزی مخصوصی جهت استفاده در میکروویوها ساخته شده است.
*امروزه ظروف فراوانی با برچسب "قابل استفاده در ماکروویو" در معرض فروش هستند، ولی اینکه برای کنترل کیفیت و سلامت آن ها از کدام استاندارد استفاده شده و یا باید استفاده شود به طور دقیق مشخص نیست.

* امواج این دستگاه علاوه بر ضایعات مواد غذایی، ممکن است به افراد نیز برخورد کرده و موجب ضایعاتی در بدن آن ها شود. طبق مطالعات علمی، حتی استفاده ی طولانی مدت از ماکروویو، به دلیل وجود امواج با طول کوتاه موجب ایجاد ضایعات و سرطانی کردن بافت های بدن فرد استفاده کننده می شود.
* در سال 1992 سازمان بهداشت جهاني اعلام كرد كه هيچ مدرك علمي مستند بر عدم وجود عوامل خطر در غذاهاي مايكروويو شده وجود ندارد. بهترين توصيه در رابطه با گرم كردن و پختن غذا استفاده از حرارتهاي معمولي است و هيچ تضميني براي ايمني و سلامتي كامل غذاهاي ماكروويو شده وجود ندارد.