به گزارش مشرق به نقل از فارس ، آیت الله خاتمی در خصوص مخالفتش با مکتب ایرانی گفت : ابتدا واژه‌ها باید درست تعریف شود. ما با ایران و ایران دوستی مخالف نیستم. ایران را دوست‌داریم. اینکه کسی بگوید چون قرائت‌های مختلف از اسلام می‌شود پس اسلام نمی‌تواند محور وحدت باشد و برای وحدت باید سراغ مکتب ایرانی رفت، یک انحراف است. ما معتقدیم این حرف ضربه فرهنگی به انقلاب اسلامی است. سفیر یکی از کشورهای عربی گفته بود، بیش از 30 ‌سال است که ما به دنیا می‌گویم که ایران در پی اسلام نیست و به دنبال امپراطوری است و حالا ببیند حرف ما روشن شد و در ایران گفتند مکتب ایرانی.

همچنین وی در مورد اینکه برخی می‌گویند منظور ما از مکتب ایرانی برداشت علمای ایرانی از اسلام است پاسخ داد : مکتب یعنی ایدئولوژی. اینها مغلطه می‌کنند و در پاسخ به ما می‌گویند، شما چرا ایران را دوست ندارید در حالی که ما ایران را دوست داریم و انحراف را رد می‌کنیم. ایران دوستی به معنای پذیریش ایدئولوژی ایرانی به جای اسلام نیست. ایران دوستی مصداق حدیث حب الوطن من الایمان است.