
پدرش "محمد سالي صديقي " جراح مغز و اعصاب در انگلستان و مادرش "عصمت " معلم و مددکار اجتماعي بازنشسته و شخصي برجسته در محافل سياسي - مذهبي پاکستان شناخته مي شوند.
برادر وي بنام "محمد آزي " معمار و در شوگرلند تگزاس زندگي ميکند، خواهرش "فوزيه " دانش آموخته مغز و اعصاب دانشگاه هاروارد و همسرش "ناصر جمالي " استاد دانشگاه هاپکين است که تا قبل از بازگشت به پاکستان در بيمارستان بوستون و سيناي بالتيمور مشغول به کار بود.
عافيه صديقي در سال 1990 با ويزاي دانشجويي براي ديدن برادرش به تگزاس سفر کرد، بعد از گذراندن 3 ترم در دانشگاه هوستون به موسسه تکنولوژي ماساچوست (MIT) نقل مکان کرده و در سال 1992 به عنوان دانشجوي سال دوم با ارائه طرح تحقيقاتي "اسلام گرايي در پاکستان و تاثيرات آن بر روي زنان " موفق به دريافت جايزه "Caroll L. Wilson Award " شد.
پس از آن در سال سوم دانشجويي، وي کمک هزينه 1200 دلاري "City Days " را از طريق برنامه موسسه تکنولوژي ماساچوست (MIT) براي کمک به پاک کردن زمينهاي بازي مدرسه ابتدايي کمبريج دريافت کرد.
وي پس از کسب تجارب و مهارتهاي اوليه در مطالعات بيولوژي و بيوفيزيکي در سال 1995 با دريافت مدرک کارشناسي زيست شناسي فارغ التحصيل شد.
در ماه فوريه 1995 مقالهاي را تحت عنوان "For Ways to Get MITnet for Macs and Pics " براي خبرنامه سيستم هاي اطلاعاتي موسسه تکنولوژي ماساچوست ارسال کرد.
عافيه صديقي در سال 1995 با "امجد خان " متخصص بيهوشي، بدون ديدن يکديگر و تنها از طريق تلفن ازدواج کردند، سرانجام آنها در سال 1996 صاحب فرزند پسري بنام "محمد احمد و نام ديگرش علي حسن " و در سپتامبر 1998 صاحب دختري بنام "مريم بنت محمد " شدند که هردوي آنها شهروند آمريکايي به شمار ميروند.
به گفته امجد خان بعد از حملات 11 سپتامبر، عافيه براي خروج از ايالت متحده به دليل نا امن بودن براي خود و فرزندانشان اصرار مي ورزيد و خواستار رفتن به افغانستان به عنوان پزشک براي مجاهدين بود.
در ماه مي سال 2003، سازمان FBI صديقي و شوهرش را به دليل خريد اينترتني 10.000 دلاري تجهزات ديد در شب، لباس نظامي و کتابچههاي نظامي مورد بازجويي قرار دادند، در اين بازجوييها امجد خان ادعا ميکرد که اين تجهيزات فقط براي شکار و سفرهاي تفريحي بوده است.
بالاخره در 26 ژوئن سال 2002 صديقي به همراه همسر و فرزندانش به پاکستان بازگشتند.
در ماه آگوست 2002 زندگي مشترک آنها به دليل برخي اختلاف نظرها به مرز جدايي رسيد و سرانجام 3 هفته بعد از اين ماجرا عافيه صاحب فرزند ديگري بنام "سليمان " شد و بالاخره بعد از کشمکشهايي در 21 اکتبر سال 2002 آنها از يکديگر جدا شدند.
در اوايل سال 2003، صديقي در دانشگاه "آقا خان " شهر کراچي مشغول به کار شد، وي با ارسال ايميلي به پروفسور سابق در دانشگاه برنديس خواستار کار در آمريکا شد چرا که به گفته عافيه شهر کراچي امکانات لازم براي تخصص آکادميک وي نداشت.
سرانجام در 25 مارس سال 2003، سازمان FBI در اقدامي خواستار دستگيري عافيه صديقي و همسر سابقش "امجد خان " شد، وي به اتهام با القاعده از طرف پليس فدرال آمريکا متهم شده بود.
عافيه صديقي چند روز بعد از ترس دسترسي ماموران FBI، به همراه سه فرزندش کراچي را به مقصد اسلام آباد براي ديدار عمويش ترک کرد که از آن موقع وي ناپديد شده است.
پس از مدتي مشخص شد که عافيه صديقي در بازداشتگاه آمريکاييها در پاکستان بوده که براي بازجويي به زندان آمريکايي بگرام در افغانستان منتقل شده است.
سربازان آمريکايي در زندان بگرام براي شکستن مقاومت اين زن مسلمان قرآن را پاره ميکنند و در کف سلول وي ميريزند و از وي ميخواهند که روي اين برگههاي قرآن راه برود.
عافيه صديقي پس از اينکه از اين اقدام خودداري ميکند، مورد آزار و اذيت جنسي سربازان آمريکايي قرار ميگيرد و براي ادامه بازجوييها به زنداني در آمريکا منتقل مي شود.
وي هم اکنون در آمريکا زنداني است و به تازگي دادگاهي در آمريکا وي را به تحمل 86 سال حبس محکوم کرد که مردم پاکستان و برخي مقامات ايالتي اين کشور هشدار دادهاند که اگر آمريکا وي را آزاد نکند، تظاهراتي گسترده عليه آمريکا برپا ميکنند.
آمريکاييها در همان سالي که وي را بازداشت کردند، دختر چهار سالهاش بنام مريم نيز به طور مخفيانه دستگير و به زندان بگرام در افغانستان منتقل کرده بودند.
چند مدت پيش "رحمان ملک " وزير کشور پاکستان در يک نشست خبري اعلام کرد که دختر 12 ساله به نام مريم صديقي دختر همان زن دانشمند پاکستاني که در آمريکا زندان است، پيدا شده و مشخص شده است که در پايگاه آمريکايي بگرام زنداني بوده است.
اين دختر حدود هفت سال در زندان آمريکايي بگرام در افغانستان محبوس بوده و چند روز پيش آمريکاييها وي را در يکي از محلههاي شهر اسلام آباد رها کرده بودند که بر اساس آزمايش دي.ان.اي (DNA) هويت وي مشخص شد.