آیت الله سید علی سیستانی همچنین در گفت و گوی تلفنی با آیت الله شيخ عيسى قاسم، دوستی و مودت خود رابه وی ابراز داشته و گفته بود که شیخ عیسی جایگاهی خاص در قلبش دارد و بعد از اطمینان از وضیت سلامت ش خطاب به او گفت " جای شما در قلب مردم است و اتفاقی که افتاده ( سلب تابعیت از سوی رژیم آل خلیفه)، به ضرر شما نخواهد بود".

وی همچنین حمایت خود را از آیت الله عیسی قاسم اعلام و از تلاش های وی در زمینه دفاع از حقوق مردم بحرین به شکل مسالمت آمیز تمجید کرد.