
مهدي سال آخر دبيرستان بود که نيروهاي ساواک برادرش علي را در يک درگيري به شهادت رساندند و اين واقعه، تأثير بزرگي بر روحيه او گذاشت. از آن پس مهدي همچون برادرش وارد مبارزه مستقيم با رژيم شد و فعاليت هاي انقلابي خودش را آغاز کرد.
يک سال بعد از آن که ديپلمش را گرفت در کنکور ورودي دانشگاه تبريز قبول شد و تحصيلاتش را در رشته مهندسي مکانيک شروع کرد، اما تحصيل در دانشگاه موجب دور شدن او از مبارزه انقلابي اش نشد . در آن سالها برادرش حميد که به خارج از کشور رفته بود براي استفاده انقلابيون اسلحه تهيه مي کرد و مهدي در مرز ترکيه اسلحه ها را از او مي گرفت و به ايران مي آورد . با آن که اين فعاليت ها کاملاً مخفي انجام مي شد ، ساواک به مهدي مشکوک شده بود و او را زير نظر داشت . چند بار هم او را احضار کرد ولي هر بار مهدي با زيرکي و شجاعت با بازجوها برخورد کرد و نگذاشت هيچ سرنخي از او به دست بياورند .
درس دانشگاهش که تمام شد بايد به سربازي مي رفت . پس مهندس جوان راهي پادگان شد . اما ورودش به پادگان مصادف بود با شروع وقايع انقلاب اسلامي و او که دل در گرو انقلاب داشت فرمان امام خميني (ره) را مبني بر فرار سربازان از خدمت نظام اجابت کرد و از پادگان گريخت . از آن پس تا بيست و دوم بهمن 57 زندگي اش مخفيانه بود . در اين دوران فعاليت هاي انقلابي اش را ادامه مي داد و تا آنجا که مي توانست به حرکت انقلابي مردم کمک مي کرد .
انقلاب که پيروز شد مهدي باکري خود را يکسره وقف تثبيت نظامي کرد که ثمره خون شهدا بود . به سپاه رفت و در سازماندهي آن کمک کرد . در شهرداري مشغول به کار شد ،به جهادسازندگي رفت و جالب است که از هيچ کدام حقوق نمي گرفت . اما شروع جنگ مسير اصلي او را مشخص کرد . « سپاه » مهمترين جايي بود که مهدي مي بايست تمام نيروي خود را در آنجا صرف کند . چهل روز از جنگ گذشته بود که مهدي ازدواج کرد . با معرفي يکي از دوستانش با خانم صفيه مدرس آشنا شد . يک ملاقات ساده زندگي مشترک آن دو را پي ريزي کرد و از پي آن جشني بسيار ساده گرفتند که در خور زندگي عارفانه شان باشد . مهريه همسرش يک جلد قرآن بود و يک اسلحه کمري : «ميان ما آنچه پيوندمان مي دهد ايمان به خداست و مبارزه در راه او .»
مهدي ازدواج کرده بود اما بيشتر وقتش در جبهه مي گذشت . مدتي بعد همسرش را با خود به اهواز برد و در آنجا خانه اي گرفت تا کنار هم باشند ، اما اهواز کيلومترها دورتر از خط مقدم جبهه بود و دوري همچنان ادامه داشت .
در عمليات فتح المبين در منطقه رقابيه مهدي باکري معاون تيپ نجف اشرف بود و در همين عمليات بود که از ناحيه کمر زخمي شد . اما زخم کمر او را از پا نينداخت . يک هفته در خانه استراحت کرد و دوباره به جبهه برگشت . در عمليات رمضان فرمانده تيپ عاشورا بود . در اين عمليات نمايشي مقتدرانه از فرماندهي جنگ ارائه داد. باز هم مجروح شد اما از پا نيفتاد .
عمليات بعدي مسلم بن عقيل بود . حالا ديگر تيپ عاشورا تبديل به لشگر شده بود و فرماندهي اش را مهدي بر عهده داشت . اين لشگر توانست بخشهاي مهمي از خاک ميهنمان را از دست نيروهاي بعثي خارج کند . بعد از آن عاشوراييان آذربايجان در عمليات والفجر مقدماتي و والفجر يک و چهار حماسه ها آفريدند و ضربه هاي مهلکي بر پيکر دشمنان متجاوز وارد کردند .
در عمليات خيبر « حميد »برادر مهدي به شهادت رسيد . مهدي حتي براي شرکت در مراسم بزرگداشت برادر هم جبهه را ترک نکرد . او فقط شکر حق را به جا آورد و افسوس خورد که چرا پيش از برادر به شهادت نرسيده است اما دل تنگي او ديري نپاييد . در بيست و پنجم اسفند سال 1363 وقتي که نيروهاي رشيد لشگر عاشورا در عمليات بدر در ساحل دجله با دشمن پنجه در پنجه انداخته بودند ، گلوله اي ميان پيشاني او نشست و او را از عالم خاک رهانيد . پيکرش را در قايقي گذاشتند تا به سوي ديگر دجله ببرند ، اما در ميانه راه يک گلوله آرپي جي قايق را در هم شکست و مهدي به همراه امواج دجله رفت تا به دريا بپيوندد.
اين تصوير متعلق به شهيد مهندس مهدي باکري است که حضرت امام بر روي آن با دستخط خودشان جمله اي را نوشته اند:
بسمه تعالي
خداوند شهداي عزيز ما را رحمت فرمايد.
روح الله الموسوي الخميني