به گزارش مشرق به نقل از جهان، او در نامه ای به حجت الاسلام محمد جواد فاضل لنکرانی، حمایت مرحوم آیت الله فاضل لنکرانی از مجازات یک ملحد و هتاک به پیامبر اسلام که اهل جمهوری آذربایجان است را مردود دانسته است.
کدیور که خود را به محافل بیگانه یک اسلام شناس معرفی کرده است، فتوای آیت الله فاضل لنکرانی را در ادامه فتوای امام راحل درباره سلمان رشدی و در ادعایی مضحک و غرب پسند "پیشه کردن ترور" توصیف کرده است.
این فعال فتنه همچنین آشکارا خواستار حذف حکم ارتداد در اسلام شده و گفته است، اگر بخواهیم درجهان معاصر با اهانت و تمسخر باورهای دینی مبارزه کنیم باید "تغییر دین و تبلیغ دیگر ادیان" را مشمول هیچ مجازاتی ندانیم."
این شاگرد منتظری در پیشنهاد جالب گفته است که هتاکی به پیامبر اسلام(ص) و مقدسات را باید در دادگاههای کشور فرد هتاک رسیدگی کرد و اگر قانون آن کشور هم این هتاکی را مجاز بداند باید "در جهت تغییر قانون" تلاش کرد.
او البته اشاره ای به رویکرد جنایت پیشه کشورهای حامی جریان فتنه که مسلمانان را تروریست می نامند و آنان را از کمترین حقوق مسلم خود محروم می کنند، نکرد و توضیح نداد که چگونه می شود به دنبال احقاق قانونی حق مسلمانان بود و احکام اسلامی را برای خوشایند غرب تعطیل کرد.
محسن کدیور از سال ۲۰۰۲ مشمول یک فرصت مطالعاتی اعطایی از سوی دانشگاه هاروارد شد و به نظر خیلی عجیب و شاید بی‌سابقه باشد که چنان دانشگاهی به یک روحانی، آن هم از ایران، چنین فرصتی را بدهد.
وی همواره خواستار انطباق احکام اسلام بر موازین جهانی نظیر حقوق بشر بوده است تا از این طریق روشن شود که اسلام دین خوبی است. به عبارت دیگر، وی معتقد است که اسلام فی نفسه ارزش ندارد و در صورتی که با معیارهای غربی همسو باشد ارزش تلقی می‌گردد.
در جریان فتنه سال ۸۸ از کدیور به همراه مهاجرانی، سروش، بازرگان و گنجی به عنوان "ابوذرهای میرحسین موسوی" نام برده می‌شد. او به همراه این افراد به ارائه نظریات ضددینی و ضداسلامی می‌پرداخت.
شایعاتی در خصوص ارتباط وی با مؤسسات بدنامی که زیر سیطره و نفوذ صهیونیست‌ها و دستگاه‌های اطلاعاتی امریکا قرار دارند در میان اپوزیسیون خارج‌نشین هم وجود دارد.
