به موجب مصوبه مجلس در ماده 32 این لایحه، آرای قطعی که قبل از لازم‌الاجراء شدن این قانون توسط هیأتهای رسیدگی به تخلفات انضباطی سابق در نیروهای مسلح صادر شده است قابل رسیدگی مجدد نیست.

تبصره- مرجع تجدیدنظر آراء غیرقطعی هیأتهای بدوی سابق، هیأتهای تجدیدنظر موضوع این قانون است.

ماده 33- رسیدگی به تخلفات کارکنان مأمور و مأمور به خدمت و قضات نظامی شاغل در سازمان قضائی که از آنان سلب صلاحیت شده با رعایت مفاد مندرج در ماده(3) این قانون در صلاحیت هیأتهای محل اصلی خدمت آنان است.

ماده 34- ادامه رسیدگی به پرونده‌هایی که قبل از لازم‌الاجراء شدن این قانون در هیأتهای رسیدگی به تخلفات انضباطی در نیروهای مسلح مطرح بوده اما منجر به صدور رأی نشده، یا آرائی که توسط دیوان عدالت اداری نقض شده، مطابق این قانون است.

ماده 35- مستنکفان از اجرای آراء قطعی هیأت‌ها متخلف محسوب می‌شوند و ضمن تنبیه انضباطی مسؤول جبران خسارت وارده می‌باشند.

ماده 36- در صورت تغییر، ادغام، انحلال و تجزیه در عناوین شغلی و تشکیلاتی موجود در مواد مندرج در قانون، با نظر ستادکل نیروهای مسلح عناوین جدید جایگزین آنها می‌گردد.

ماده 37- از تاریخ لازم‌الاجراء شدن این قانون، مواد (104) و(105) قانون ارتش جمهوری‌اسلامی ایران مصوب 7/7/1366 با اصلاحات بعدی آن و مواد (114) و(115) قانون مقررات استخدامی سپاه مصوب 21/7/1370 و مواد (121) و (122) قانون استخدام نیروی انتظامی مصوب 20/12/ 1382 واصلاحات بعدی آن و قانون چگونگی اعتراض کارکنان مشمول قوانین استخدامی نیروهای مسلح نسبت به آراء صادره از هیأتهای رسیدگی تخلفات انضباطی مصوب 25/1/1389 نسخ می‌گردد.

ماده 38- دستورالعمل اجرایی این قانون ظرف مدت سه‌ماه از تاریخ ابلاغ آن توسط ستاد کل نیروهای مسلح تدوین و ابلاغ می‌شود.