نظر متفاوت پژوهشگران درباره وی:
او به طور رسمی دین خود را اسلام معرفی می نماید اما بسیاری از پژوهشگران نظر دیگری در این باره دارند بعضی میگویند مادر قذافی یک زن یهودی بود که قبل از اینکه با محمد بومنیار القذافی (پدر شناسنامه ای معمر قذافی) ازدواج کند با یک مرد یهودی ازدواج کرده بود و به دلیل اذیت و آزارهایی که شوهر اول بر مادر قذافی روا میداشته، این زن به همراه یک شیخ مسلمان یعنی محمد بومنیار القذافی دست به فرار میزند. اما هنگامی که وی فرار میکند از شوهر اول خود باردار بوده و این فرزند همان معمر القذافی بوده است. لذا قذافی نه تنها یهودی تبار است، بلکه طبق آیین یهود او یک یهودی به حساب می آید. مادر قذافی از یهودیان ساکن لیبی بوده و در نسبِ یهودی مادر وی هیچ تردیدی وجود ندارد، ولی در خصوص پدر وی اختلافاتی وجود دارد و عده ای او را فرزند یک خلبان فرانسوی یهودی میدانند که "البار بریزوسی" نام دارد و در سالهای ۱۹۱۵ میلادی تا ۱۹۴۳ به لیبی سفر میکرده و در ارتش فرانسه خدمت میکرده است.
"جک تیلور" نویسنده کتاب "اوراق موساد" ، قذافی را یک یهودی زاده میداند و به دلایلی استناد کرده است که برخی از آنها در ذیل آمده است:
گزارشی در سال ۱۹۷۰ میلادی در روزنامه ایتالیایی "اوجی" منتشر شد که در آن قید شده بود که قذافی از طرف مادر یک یهودی است که در منطقه "سرت" لیبی می زیسته و دلایل مستند برای آن ذکر کرده بود.
همچنین در سال ۱۹۷۰ میلادی نامه ای از سوی اسقف شهر میلان به زبان ایتالیایی به وزارت امور خارجه لیبی ارسال شده که توسط سفیر وقت ، "خلیفه عبدالمجید المنتصر" به عربی ترجمه شده و در آن از زبان این اسقف خطاب به قذافی آمده است : « تو را به آن خون یهودی و مسیحی که در رگ هایت جریان دارد قسم میدهم و خطاب میکنم ... »
قذافی روز هفتم آوریل هر سال را برای اجرای احکام اعدام محکومان سیاسی انتخاب میکرد که این روز منطبق با عید فطر تلمودی است.
قذافی همچنین علاقه زیادی به ملاقات با تاجر صلح یهودی - "یعقوب نمرودی" دارد. قذافی طرح تشکیل دولت واحد "اسراطین" را نیز برای حل مشکل فلسطین مطرح کرده و به اعتقاد قذافی هیچ دشمنی ای بین اعراب و یهود وجود ندارد و یهودیان، پسر عموی های اعراب عدنانی هستند و از نسل ابراهیم(ع) میباشند و هنگامی که یهودیان قتل عام شدند، این اعراب بودند که به آنها پناه دادند، لذا مانعی ندارد یگ دولت واحد از یهودیان و اعراب فلسطینی تشکیل شود و نام آن را "اسراطین" بگذارند!