نمایندگی امام در بنیاد مستضعفان از سال 1359 و همکاری با اوقاف و امور خیریه از فعالیتهای قابل توجه جانبی دیگر آیتالله شاهآبادی بود. در طول مدت دفاع و جنگ تحمیلی در فرصتهای به دست آمده در جمع رزمندگان اسلام و در کنار آنان در جبههها حضور مییافت. بالاخره در واپسین مرحلهای که آیتالله از مناطق جنگی جنوب بازدید میکرد، در منطقه عملیاتی جزیره مجنون بر اثر انفجار و اصابت ترکش در ششم اردیبهشت ماه سال 63 در حالی که در جمع رزمندگان اسلام حضور داشت به شهادت رسید.
