به گزارش مشرق ، مسجد کوفه برای افرادی که توفیق زیارت آن مکان مقدس را نداشته اند یادآور مظلومیت حضرت امیرالمومنین علی بن ابی طالب (ع) است و برای آن ها که توفیق تشرف به آن مکان مقدس را دارند، علاوه بر آن، عبرت های نهفته و پنهان دارد.

بر اساس اين گزارش، از دور که نگاه می کنی مسجد کوفه دارای گنبد و چند مناره ای است که گنبد طلایی آن بر روی مزار شریف مسلم بن عقیل، فرستاده مخصوص امام حسین (ع) به کوفه و یکی از یاوران و شهیدان واقعه کربلا قرار دارد.

روبروی مسجد کوفه نیز مرقدی با گنبد سبز قرار دارد که برای میثم تمار است و روی در ورودی آن نوشته شده است «السلام علیک یا میثم بن یحیی التمار».

کنار مسجد کوفه و ضلع جنوبی آن نیز خانه ای قرار دارد که امیر المومنین علی بن ابی طالب (ع) به همراه خانواده اش چهار سال آخر حکومت خود را در آن به سر برده و زمین این خانه شاهد مناجات ها و عبادت های سه امام معصوم و غسل دادن و کفن نمودن پیکر مطهر امیرالمومنین (ع) بوده است.

ضلع جنوب شرقی مسجد دارای پنج جایگاه است. مقام اول آن به نام حضرت آدم (ع) مقام دوم مربوط به حضرت نوح (ع)،جایگاه سوم جایگاه فرشته وحی، جبرئیل (ع) و جایگاه چهارم واقع شده برای امام سجاد(ع) وجایگاه پنجم محراب شهادت امیرالمومنین (ع).

زائرین این مسجد در صف ایستاده اند تا هر کدام بتوانند این محراب را زیارت کنند و پس از آن دو رکعت نماز حاجت بخوانند.

ضلع جنوب غربی این مسجد دارای گنبدی است که متعلق به مسلم بن عقیل است. بر روی قبر مطهر مسلم بن عقیل فرستاده امام حسین (ع) به کوفه ،حدیثی از پیامبر دیده می شود که بسیار معروف است: 'من عقیل را دوست دارم و به درستی که فرزندش در دوستی فرزند تو کشته خواهد شد'.
این مرقد نیز همانند مقام های دیگر واقع شده در این مسجد دارای اعمال خاص خود است. چند متر آن طرف تر که شاید مسافت آن به 10 متر نمی رسد مقبره کوچکتری قرار دارد که متعلق به مختار ثقفی است که پس از جنگ های سختی کوفه را تحت کنترل خود در آورد و عاملین واقعه کربلا را مجازات کرد. سپس لشگری به سوی عبید الله بن زیاد فرستاد که پس از شکست او، سر از بدنش جدا کردند.

با ای که فاصله مقبره مختار با مرقد مطهر مسلم بن عقیل چند متر بیشتر نیست اما میان آن دو فاصله است که تاریخ آن را به ثبت رسانده است.

نحوه شهادت مختار ثقفی
سال 61 هجری عبیدالله بن زیاد پس از شهادت امام حسین(ع) در کربلا دستور داد اهل بیت آن حضرت را به کوفه و قصر دارالاماره بیاورند و در آن جلسه سر بریده امام حسین (ع) را نزد خود قرار داد و با چوب دستی به سر مطهر حضرت جسارت کرد.

سال 66 هجری مختار ثقفی قیام کرد، عبیدالله بن زیاد را به هلاکت رساند بر تخت دارالاماره نشست و سر بریده ابن زیاد را بر او وارد کردند.
سال 67 هجری مصعب بن زبیر بر مختار پیروز شدو در حالی که مصعب بر تخت کیه زده بود، سر مختار را برای او آوردند.
سال 72 هجری عبدالملک بن مروان به عراق حمله کرد و پس از پیروزی، در قصر دارالاماره بر تخت نشست و سر بریده مصعب را برای او آوردند. شخصی در حضور او گفت: ای امیر! من سرگذشت عجیبی از این قصر به خاطر دارم و وقایع آن را تعریف کرد.
عبدالملک با شنیدن این قضیه بر خود لرزید و دستور داد قصر دارالاماره را خراب کنند.
شایان توجه است که قصر دارالاماره در ذیحجه سال 60 هجری، شهادت دو فرستاده امام حسین را نیز شاهد بوده است.

نحوه پیدا شدن مقبره مختار
پس از شهادت مختار توسط مصعب بن الزبیر, جسد پاک او در دیوار قصر الاماره نزدیک مسجد مدفون شد , این قبر مخفی ماند تا اینکه آیة الله العظمی سید مهدی بحر العلوم در زمان خود به جستوجو وآشنایی با آثار ومحرابهای مسجد پرداخت , سید در آن زمان ترجیح داد,مسجد کوفه با خاک پاک مدفون شود چون زمین مسجد پائین تر از دیگر سرزمین های منطقه بود ودر نتیجه آبهای سطحی در آن جریان پیدا می گرد, پیرو دستور آیت الله بحر العلوم زمین مسجد کوفه که عمق آن مساوی مقام پیامبر وخانه حضرت نوح بود با خاک پاک سپرشد تا از آلودگی ها در امان نگه داشته شود در جای همان محراب ها بر روی خاک محرابهای جدید ساخته شد همانگونه که اکنون هم نمایان است.

در زمان بررسی ها جستجوی آثار مسجد که از طرف سید وجمعی از علما صورت گرفت, سید قبر شریف پنهان شده ای را پیدا کرد وجایگاه آن قبر انتهای راه رو در زیر زمین وبه طرف خارج مسجد به سمت قصر الأماره بود وبر آن قبر سنگی یافتند که بر آن اسم ولقب مختار نوشته شده بود .