نسخه‌های خطی هم از حیث تاریخی و هم از منظر علمی حائز اهمیت‌اند. در اهمیت و ارزش این منابع همین بس که همچنان راهگشای دانشمندان و پژوهشگران است و گاه نکته‌ای مذکور در این نسخ، کلید حل سؤالات ذهن بشر امروز. با وجود این، از میان تمامی نسخ خطی کتابت شده، قرآن‌های خطی بیش از دیگر منابع حائز اهمیت‌اند. این امر نه تنها از وجه قدسی بودن قرآن، که از منظر ارزش‌های هنری به کار بسته در نسخ نیز محسوب می‌شود. از منظر کارشناسان هنری، بیشترین هنر اسلامی در دوره‌های مختلف در قرآن‌های خطی به کار رفته از این نظر چه در خط و چه در تذهیب و سایر هنرهای به کار بسته در متون، می‌توان این آثار را سرآمد دیگر نسخ خطی در دوره‌های مختلف دانست. از سوی دیگر، قرآن‌های خطی عموماً به دستور شاهان و امیران کتابت می‌شده و علاوه بر تمام و کمال بودن از حیث هنری، از منظر تاریخی نیز ارزشمند و قابل مطالعه‌اند.
گنجینه مخطوطات آستان قدس رضوی یکی از مهمترین مراکز نگهداری این منابع خطی است. گفته می‌شود که در این بخش از کتابخانه تعداد 22 هزار نسخه خطی قرآن کریم نگهداری می‌شود؛ از این رو گنجینه قرآن و نفایس موزه مرکزی آستان قدس نخستین و غنی‌ترین موزه قرآن جهان به شمار می‌آید. اما اهمیت این مرکز تنها به نگهداری تعداد نسخه‌های قرآنی نیست، بلکه به قدمت قرآن‌هایی است که از دوره ائمه اطهار(ع) در این مرکز نگهداری می‌شود.
محمدرضا فاضل هاشمی، رییس اداره مخطوطات کتابخانه آستان قدس رضوی، قدیمی‌ترین قرآن‌های خطی این مرکز را قرآن‌های منسوب به دستخط مبارک ائمه اطهار(ع) می‌داند.
به گفته او، این نسخ قرآنی از سوی ارادتمندان به آستان قدس رضوی وقف یا اهدا شده که 100 نسخه آن مربوط به قرن اول تا سوم قمری بر روی پوست آهو کتابت شده و منسوب به دستخط مبارک هشت تن از ائمه اطهار(ع) است. قرآن‌های منسوب به دستخط امام علی(ع)، امام حسن(ع)، امام حسین(ع)، امام سجاد(ع)، امام صادق(ع)، امام رضا(ع) و همچنین چهار نسخه دیگر از جزوات قرآنی منسوب به دیگر ائمه اطهار(ع) از شاخص‌ترین قرآن‌های این گنجینه است. عموم این قرآن‌ها در دوره صفویه به آستان قدس رضوی اهدا و یا وقف شده که در پشت برخی از این قرآن‌ها وقف‌نامه آنها به خط شیخ بهایی ذکر شده است.
قرآن منسوب به دستخط مبارک امام علی(ع)
یکی از قدیمی‌ترین قرآن‌های موجود در این گنجینه، قرآنی است منسوب به دستخط مبارک امام علی(ع) که اصل آن در کتابخانه انگلیس نگهداری می‌شود و چاپ عکسی آن(فاکسی‌میله) توسط یک ناشر پاکستانی به آستان مقدس رضوی اهدا شده است. عشق و ارادت به خاندان اهل بیت علیهم السلام انگیزه این ناشر برای انجام چنین کاری بوده است. این نسخه که از طرف آقای بختیارالدین احمد در سال 1390 هجری شمسی به کتابخانه آستان قدس رضوی اهدا شده است، بر روی ورق پوست آهو نوشته شده است.
اندازه این قرآن، 8/5 در 5 سانتی‌متر است. دو صفحه اول این قرآن دارای تذهیب بوده و جدولها در هر صفحه طلاکاری شده است. صفحه اول قرآن 4 سطری و بقیه صفحه ها 5 سطری می باشد و دارای اعراب گذاری می باشد. این قرآن کوچک شامل سوره های یایسن، صافات و زمر است. در پایان این قرآن عبارت «کتبه علی بن ابیطالب» و مُهر یکی از امیران وابسته به دربار «شاه جهان» و یادداشت فرماندار انگلیسی لاهور، چارلز ریکس در سال 1854 میلادی آمده است. این قرآن به همراه دیگر قرآن های نفیس منسوب به ائمه اطهار علیهم السلام، در زمان اشغال پنجاب توسط انگلیسی ها از قلعه لاهور به لندن منتقل شده است.
قرآن منسوب به امام حسن(ع)
این قرآن خطی شامل سوره‌های یس تا جاثیه (جزء 23 تا 25 قرآن) است که در 122 ورق بر روی پوست آهو در اندازه 16.5 در 11.5 سانتی‌متر به خط کوفی هفت سطری کتابت شده است.
این اثر نفیس در سال 1008 هجری قمری به دست شاه عباس اول صفوی وقف آستان مقدس امام رضا(ع) شده است. در صفحه نخست این قرآن وقف‌نامۀ شاه عباس اول صفوی به خط و امضای شیخ بهایی به چشم می‌خورد و در صفحۀ آخر، ترقیمۀ «کتبه حسن بن علی ابن ابیطالب فی سنة احدی اربعین» قابل مشاهده است. در وقف‌نامه این قرآن نیز چنین آمده است: این جزء قرآن مجید را که به خط شریف حضرت امام همام سبط الرسول و قرّة عین الوصی والبتول ابی محمد الحسن علیه الصوة والسّلم است، وقف نمود بر روضة منورة مطهرة سدره مرتبة رضیّه رضویّه علی صاحبها الف الف سلام و تحیّة، پادشاه اسلام پناه ظل الله خاک آستانة خیر البشر مروّج مذهب حق ائمة اثنی عشر، غلام باخلاص امیرالمؤمنین حیدر ابوالمظفر شاه عباس الحسینی الموسوی الصّفوی بهادرخان خلدالله تعالی ملکه و سلطانه و افاض علی العالمین برّه و عدله و احسانه به حق محمد وآله الطاهرین آمین رب العالمین، حررّه الداعی بهاءالدین محمد العاملی.
قرآن منسوب به امام حسین(ع)؛ اهدایی مقام معظم رهبری
از جمله نفایس اهدایی از سوی مقام معظم رهبری به گنجینه مخطوطات کتابخانه آستان قدس، قرآن‌های نفیسی است که توسط هنرمندان خبره سده‌های گذشته کتابت شده و با تذهیب‌های فوق‌العاده نماد و نشانه‌ای از اوج هنر اسلامی‌ست. از جمله آثار بسیار نفیس اهدایی از سوی ایشان، قرآنی‌ست به مهر شاه اسماعیل صفوی که منسوب به دستخط مبارک امام حسین(ع) است.
این قرآن بسیار نفیس در 9 سطر بر پوست آهو کتابت شده و در خود مهری با عنوان ««کَتَبه حسین بن علی» دارد. به گفته محمدرضا فاضل‌هاشمی، رییس اداره مخطوطات کتابخانه آستان قدس رضوی، این قرآن در هشت ورق نوشته شده است و یکی از قدیمی‌ترین نسخ خطی موجود در کتابخانه آستان قدس محسوب می‌شود. این قرآن در قرن اول هجری کتابت شده و با شماره 3382 در کتابخانه آستان قدس رضوی ثبت شده است.
قران منسوب به امام کاظم(ع)
در صفحه اول این قرآن که منسوب به دستخط امام هفتم شیعیان است، وقف‌نامه‌ای به خط و امضای شیخ بهایی در سال 1009 هجری قمری دیده می‌شود. این قرآن دارای 83 برگ در قطع بیاضی به ابعاد 28 × 17 سانتی‌متر است که آیات وحی در 6 سطر در هر صفحه با مرکب مشکی مایل به قهوه‌ای کتابت شده است. در این اثر معنوی بخشی از کلام الله مجید از آیه 252 سوره بقره تا آیه 89 آل عمران را شامل می‌شود که به خط کوفی، روی پوست آهو کتابت شده است.
رئیس سازمان کتابخانه‌ها، موزه‌ها و مرکز اسناد آستان قدس رضوی درباره ویژگی‌های خطی و تزئینات این اثر معنوی و هنری می‌گوید: این قرآن دارای نقش و سجع مهر و تعدادی یاداشت‌های تاریخی و مهر متولیان وقت است. جلد این مصحف شریف: دو رویه دارای جدول بندی زرکوب، برون جلد: تیماج ساغری روغنی زرکوب، دارای ترنج و سرترنج با نقش «خط مبارک امام مفترض الطاعه موسی بن جعفر علیه السلام» به رنگ سفیداب محرر در زمینه زر، درون جلد: تیماج زرشکی دارای دو شمسه زرکوب با نقش «صحاف کتابخانه خسرو» و «اول حمل سنه 1297 اتمام پذیرفت» لت دیگر جلد دارای ترنج و سرترنج با نقش «السلطان ناصر الدین شاه ... و تولیت جناب میرزا موتمن المللک سعیدخان 1297» به رنگ سفیداب در زمینه زر است.
قرآن منسوب به دستخط مبارک امام سجاد(ع)، امام صادق(ع) و امام رضا(ع) از جمله دیگر آثار ارزشمندی است که در این کتابخانه نگهداری می‌شود.
