پس از ۴۸ ساعت از این حادثه حسینعلی امیری سخنگوی وزارت کشور اعلام کرد: در مورد حادثه رخ داده متاسف هستم و هرچه سریعتر با عوامل حادثه و مقصران احتمالی برخورد کرده و استاندار فارس هم به تهران خواستیم تا توضیح دهد. همچنین وزیر کشور از آنچه برای این نماینده مجلس در شیراز پیش آمده ابراز تاسف کرده و از معاون امنیتی و انتظامی این وزارتخانه خواسته است هرچه سریع تر عوامل این واقعه شناسایی شوند.

۲۳ اسفند ۹۳ حجت الاسلام حسن روحانی رئیس جمهوری دستور پیگیری ماجرای حمله به علی مطهری را صادر کرد. رئیس جمهوری به وزیر کشور دستور داد تا مقصرین حادثه شناسایی و با آنها برخورد قانونی شود.

در سال ۹۴ این پرونده در حال بررسی و پیگیری شد و در خرداد ۹۴ بالاخره کیفرخواست ۱۱ متهم این پرونده از سوی دادستان شیراز صادر و پرونده به شعبه ۱۰۱ دادگاه جزایی شیراز رفت که سه نفر از متهمان این پرونده، رئیس دانشگاه، معاون دانشگاه و دانشجوی دعوت کننده است.

۱۳ مرداد سال جاری نخستین جلسه این دادگاه برگزار شد و مصطفی ترک همدانی وکیل علی مطهری گفت: این جلسه دادگاه برگزار شد و ۶ متهم از ۱۱ متهم اصلی در دادگاه حضور یافتند تا در برابر اتهامات دفاع کنند. جلسات این دادگاه غیرعلنی برگزار می شود و نمی توانم جزئیات را عنوان کنیم اما از قاضی خواستیم تا سایر متهمانی که در این پرونده نامشان نیست و مغفول مانده هم دعوت شوند تا در جلسات دادگاه حضور داشته باشند.

وکیل علی مطهری گفت: به دلیل اینکه مرحله بازپرسی پرونده خیلی خوب تحقیق شده است قاضی با اسناد و مدارک مستدل می تواند قضاوت داشته باشد.

جلسه بعدی دادگاه هم روز ۲۶ مرداد برگزار شد و بر اساس این گزارش پس از گذشت بیش از یک ماه از دادگاه اول و دوم مصطفی ترک همدانی اعلام کرد: چهارشنبه هفته گذشته به شیراز رفتم و با قاضی شعبه ۱۰۱ دادگاه کیفری در مورد پرونده آقای مطهری گفتگو کرده و درخواست هایی داشتم تا در روز سومین جلسه دادگاه یعنی ۱۵ مهر سایر متهمان هم محاکمه شوند.

وی گفت: قاضی فرهادی هم این درخواست را ثبت کرد. با این حال در این پرونده متهمانی هستند که هنوز احضار نشده اند و خواسته ما هم همین است.