در ۲۸ فروردین ۱۳۸۷ شورای امنیت کشور با صدور اطلاعیه‌ای اعلام داشت که مطالعات و بررسی‌های انجام شده نشان می‌دهد که عامل انفجار در حسینیه سیدالشهدا در شهر شیراز وجود برخی از مهمات جنگی در این محل بوده‌است و انفجار هرگونه بمب یا انتقال مواد انفجاری از بیرون توسط «عوامل و عناصر معاند اعم از داخلی و خارجی» در این حادثه منتفی است.
تغییر نظر در مورد علت انفجار
در ۱۸ اردیبهشت پور محمدی وزیر کشور در دیدار با خانواده قربانیان رویداد گفت: «برای عرض تسلیت آمده بودم اما در اواسط راه، یکی از برادران با من تماس گرفت و گفت که بمبگذاران حادثه اخیر را دستگیر کردیم. این تروریست‌ها که در یکی از استان‌های دیگر؛ در حال عملیات برای انجام بمب گذاری بوده‌اند دستگیر شده و به بمب گذاری در حسینیه شیراز اعتراف کرده‌اند.»
وزیر اطلاعات ارتباط داشتن بمب گذاری با گروه‌های اسلامی (خصوصاً با توجه به تهدیدات القاعده) را رد کرد و آنرا به گروه‌های سلطنت طلب و با حمایت «کشورهای داعیه دار حقوق بشر و دفاع از حقوق ملتها و ضدتروریسم» نسبت داد.
دستگیری، محاکمه و اعدام متهمان
در ۲۴ اردیبهشت ۱۳۸۷ سخنگوی قوه قضائیه از بازداشت دوازده عامل انفجار خبر داد و گفت که این افراد، اسلحه، مهمات، تجهیزات ساخت بمب و سیانور داشتند.
در ۲ آذر ۱۳۸۷، جلسه‌ای علنی به ریاست قاضی صلواتی برای سه متهم اصلی پرونده برگزار شد. در کیفرخواست به انجمن پادشاهی ایران نیز اشاره شده بود.
در ۲۱ فروردین ۱۳۸۸، این سه تن، به نامهای محسن اسلامیان (دانشجو)، علی‌اصغر پشتر (دانشجو)، و روزبه یحیی‌زاده (کارگر تراشکار) در زندان عادل آباد شیراز اعدام شدند.
نام سن
علی نوروزی ۱۹
غلام موسوی ۴۵
عرفان انتظامی ۴
نجمه قاسمپور ۲۹
محمد جواد یاقوت ۳۰
علیرضا انتظامی ۱۱
مسعود رضایی ۲۵
محمد مهدوی ۲۱
محمد جوکار ۲۵
علی نصیری ۳۸
محمد جواد علوی
مروجی هاشمی
محمد شاهچراغی ۲۱
راضیه کشاورز ۱۶
۲۳:۰۸ - ۱۴۰۱/۰۸/۰۲
