وی با ابراز تاسف از اینکه در آستانه هفته دولت راهی جز استیضاح وزیر علوم نمانده است، گفت: با این استیضاح سعی داریم مانع ایرادات اساسی در دولت و آسیب‌هایی که به ایران عزیز وارد می‌شود را بگیریم.
زاکانی اولویت اول امروز کشور را بحث فرهنگ دانست و گفت: وزارت علوم، تحقیقات و فناوری مسئول جهت‌دهی علمی کشور در مسیر اقتصاد مقاومتی است و امروز برای رهایی از مشکلات باید کمر همت بست تا از موانع عبور کرده و به اهداف بالفعل و بالقوه خود برسیم.
وی اهمیت این موضوع را برای وزارت علوم، تحقیقات و فناوری دارای ویژگی‌های دوچندان دانست و گفت: نمایندگان محترم دولت و مجلس! امروز روز امتحان ما است تا معلوم شود که منافع فرقه‌ای و جناحی را در اولویت قرار می‌دهیم یا منافع ملت را.
نماینده مردم تهران در مجلس با اشاره به اینکه استیضاح‌کنندگان عمدتا از حامیان فرجی‌دانا در روز رای اعتماد به وی بودند، اظهار کرد: آنان امروز راهی بجز استیضاح برای اصلاح رویه وزارت علوم نیافتند.
علیرضا زاکانی با بیان اینکه علت اصلی طرح استیضاح قانون‌شکنی، التهاب‌آفرینی و فعال کردن همه گروه‌های فرقه‌ای و قومی و گروه‌گرا در دانشگاه به جای انسان‌سازی در این نهاد مهم است.
وی با بیان اینکه برای نمونه به چند مورد اشاره می‌کنم افزود: بکارگیری برخی مسئولان وزارتخانه بدون رعایت آیین‌نامه حراست‌ها مصوب مجمع تشخیص مصلحت نظام برای استعلام نظر وزارت اطلاعات در جهت انتصاب مدیران وزارتخانه‌ها بود؛ ممکن است آقای وزیر با استعلامی که اخیراً درباره برخی مدیران از وزارت اطلاعات گرفته‌اند خود را تابع قانون نشان دهند اما سوال این است که چرا پس از یک سال و چرا بعد از طرح مسئله استیضاح اقدام به این کار کرده‌اند؟
زاکانی ادامه داد: بازگشت عناصر بی‌صلاحیت به دانشگاه‌ها دلیل دیگری برای استیضاح علوم است؛ وزیر محترم اطلاعات دولت یازدهم طی نامه‌ای رسمی به سران قوا به جذب برخی افراد محارب و آشوبگر توسط وزارتخانه علوم و دانشگاه آزاد اعتراض کرد و سند این نامه نیز هم‌اکنون پیش چشم نمایندگان قرار دارد.
نماینده مردم تهران تصریح کرد: در جلسه‌ای که با حضور وزیر علوم و وزیر اطلاعات برگزار شد آقای فرجی‌دانا تصریح کرد که دانشگاه آزاد به ما جوابگو نیست و رویه و روش جدایی را پیش می‌گیرد.
وی اضافه کرد: ما به عنوان نمایندگان مجلس با اسامی اعلام شده از سوی وزارت اطلاعات کاری نداشتیم بلکه سوالمان این بود که چرا بدون استعلام از وزارت اطلاعات این افراد جذب شده‌اند. آن هم کسانی که در آن زمان، صلاحیت انتصاب در این سمت را نداشتند.
زاکانی با بیان اینکه منطق ما حکومتداری درست و با ضابطه است نه حکومتداری سلیقه‌ای تاکید کرد: وزیر علوم به نامه وزیر اطلاعات عمل نکرد.
نماینده مردم تهران اعتراض دیگر استیضاح‌کنندگان را به موضوع هیات‌های جذب اساتید و انتخاب روسای دانشگاه‌ها عنوان کرد و افزود: علی‌رغم اعتراض شورای عالی انقلاب فرهنگی این رویه غلط ادامه پیدا کرد؛ طبق آیین‌نامه روسای دانشگاه‌ها با معرفی وزیر و تایید شورای عالی انقلاب فرهنگی محسوب می‌شود اما آقای فرجی‌دانا به بهانه کسب نظر اساتید هیات‌های سه نفره‌ای را به دانشگاه‌ها فرستاد که منشأ التهاب‌آفرینی و اختلاف به این دانشگاه‌ها شدند و بعضا با انتخاب‌های سلیقه‌ای التهاب‌آفرینی کردند.
زاکانی ادامه داد: با تاکید رئیس‌جمهور مبنی بر تغییر رویه پیش‌گرفته شده در انتخاب روسای دانشگاه‌ها از سوی وزارت علوم آقای فرجی‌دانا بدون توجه به نظر شورا کار خود را انجام دادند.
زاکانی با اشاره به رویه هیأت‌های جذب تصریح کرد: این امر مورد اعتراض اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی قرار گرفت زیرا که اولا نظرخواهی از اساتید درست است اما شیوه وزیر علوم، تحقیقات و فناوری اشتباه است و موجب التهاب‌آوری در دانشگاه‌ها می‌شود و نباید به گروه‌های فرصت‌طلب فرصت دهیم.
نماینده مجلس شورای اسلامی با اشاره به شباهت فعالیت‌های وزارت علوم دولت یازدهم با فعالیت‌های صورت گرفته در اواخر دهه 70 و 80 تصریح کرد: آقای فرجی‌دانا باید در برابر نشریاتی که درخواست تجزیه ایران را دارند و یا با دعوت از آشوب بی‌اخلاقی را رواج می‌دهند جواب دهند که آیا این نشریات دانشجویی است، چرا که در این نشریات مبانی انقلاب اسلامی و وحدت ایران زیر سوال رفته است.
زاکانی با اشاره به رویه غلط حاکم بر وزارتخانه علوم، تحقیقات و فناوری تصریح کرد: اصلاح رویه غلط حاکم بر وزارتخانه یکی از دلایلی بوده است که موجب اعتراض نمایندگان مجلس شده است و باید نسبت به این امر توجه شود.
