این عارف بالله بعد از شیخ انصارى در مقام مرجعیت شیعه قرار گرفت، ولى مرحوم آیت‌الله سیدعلى شوشترى اجازه نداد که او مرجع تقلید شود و گفت: خدا شما را براى مرجع تقلید شدن نیافریده است، اگر طبل مرجعیت بزنید، قیامت گریبانت را مىگیرند، خدا تو را ساخته است که با این نفَس و علمى که به تو داده است، انسان بسازى، نه فقه و اصول بگویى!
از مرحوم ملکى آثار ارزنده‌اى از جمله اسرارالصلاة، المراقبات، اعمال السنة، رساله‌اى در فقه و رساله لقاء‌الله به جاى مانده است، این عالم ربانى سر انجام پس از یک عمر تلاش در راه تهذیب انسان‌ها در سحرگاه یازدهم ذى‌الحجه سال 1344 قمرى به دیار باقى شتافت و در قبرستان شیخان قم به خاک سپرده شد.
* مرحوم حاج میرزا جواد آقاى تبریزى از منظر رهبری
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهنمودهایی به مناسبت ماه رمبارک رمضان سال گذشته تحت عنوان «سی روز، سی گفتار» ایراد کردند که در روز دهم به بحث «تکبر مانع تکامل» پرداختند. قسمتی از بیانات معظم‌له به مرحوم میرزا جواد آقا ملکی تبریزى اختصاص داشت که در ادامه می‌آید:
شنیدم مرحوم حاج میرزا جواد آقاى تبریزى معروف -که از بزرگان اولیا و عرفا و مردان صاحب‌دلِ زمان خودش بوده است- اوایلى که براى تحصیل وارد نجف شد، با این‌که طلبه بود ولى به شیوه اعیان و اشراف حرکت مى‌کرد.
نوکرى دنبال سرش بود و پوستینى قیمتى روى دوشش مى‌انداخت و لباس‌هاى فاخرى مى‌پوشید؛ چون از خانواده اعیان و اشراف بود و پدرش در تبریز ملک‌التجار بوده یا از خانواده ملک‌التجار بودند. ایشان طلبه و اهل فضل و اهل معنا بود و بعد از آن‌که توفیق شامل حال این جوان صالح و مؤمن شد، به درِ خانه عارف معروف آن روزگار، استاد علم اخلاق و معرفت و توحید، مرحوم آخوند ملاحسینقلى همدانى -که در زمان خودش در نجف، مرجع و ملجأ و قبله اهل معنا و اهل دل بوده است و حتّى بزرگان مى‌رفتند در محضر ایشان مى‌نشستند و استفاده مى‌کردند- راهنمایى شد.
روز اولى که مرحوم حاج میرزا جوادآقا، با آن هیئتِ یک طلبه اعیان و اشراف متعین به درس آخوند ملاحسینقلى همدانى مى‌رود، وقتى‌که مى‌خواهد وارد مجلس درس بشود، آخوند ملاحسینقلى همدانى، از آن جا صدا مى‌زند که همان‌جا -یعنى همان دمِ در، روى کفش‌ها- بنشین. حاج میرزا جواد آقا هم همان‌جا مى‌نشیند. البته به او بر مى‌خورد و احساس اهانت مى‌کند، اما خودِ این و تحمل این تربیت و ریاضت الهى او را پیش مى‌برد. جلسات درس را ادامه مى‌دهد. استاد را -آن‌چنان‌که حق آن استاد بوده- گرامى مى‌دارد و به مجلس درس او مى‌رود.
یک روز در مجلس درس (یا) بعد که درس تمام مى‌شود، مرحوم آخوند ملاحسینقلى همدانى به حاج میرزا جوادآقا رو مى‌کند و مى‌گوید: برو این قلیان را براى من چاق کن و بیاور! بلند مى‌شود، قلیان را بیرون مى‌برد؛ اما چه طور چنین کارى بکند؟! اعیان، اعیان‌زاده، جلوى جمعیت، با آن لباس‌هاى فاخر! ببینید، انسان‌هاى صالح و بزرگ را این طور تربیت مى‌کردند، قلیان را مى‌برد به نوکرش که بیرون در ایستاده بود مى‌دهد و مى‌گوید: این قلیان را چاق کن و بیاور. او مى‌رود قلیان را درست مى‌کند و مى‌آورد به میرزا جوادآقا مى‌دهد و ایشان قلیان را وارد مجلس مى‌کند. البته این هم که قلیان را به دست بگیرد و داخل مجلس بیاورد، کار مهم و سنگینى بوده است؛ اما مرحوم آخوند ملاحسینقلى مى‌گوید که خواستم خودت قلیان را درست کنى، نه این‌که بدهى نوکرت درست کند!
این، شکستن آن منِ متعرض ِ فضولِ موجب شرکِ انسانى در وجود انسان است. این، آن منیت و خودبزرگ‌بینى و خودشگفتى و براى خود ارزش و مقامى در مقابل حق قایل شدن را از بین مى‌برد و او را وارد جاده‌اى مى‌کند و به مدارج کمالى مى‌رساند که مرحوم میرزا جواد آقاى ملکى تبریزى به آن مقامات رسید. او در زمان حیات خود، قبله اهل معنا بود و امروز قبر آن بزرگوار، محل توجه اهل باطن و اهل معناست. بنابراین قدم اول، شکستن منِ درونى هر انسانى است که اگر انسان، دایم او را با توجه و تذکر و موعظه و ریاضت -همین‌طور ریاضت‌ها- پَست و زبون و حقیر نکند، در وجود او رشد خواهد کرد و فرعونى خواهد شد
