نامزد انتخابات ریاست جمهوری نهم درباره فرمان امام خمینی(ره) نسبت به نهضت آزادی می‌گوید: گفتم با فرض آنکه آن نامه جعلی نبوده و درست بوده، می‌گویم که آن نامه مربوط به بیست سال پیش است و به نظر امام هم باید با توجه به شرایط زمان و مکان موضع گرفت!

گروه سیاسی مشرق - دکتر مصطفی معین، وزیر اسبق علوم، تحقیقات و فناوری، در کتاب تاریخ شفاهی آموزش عالی ایران پیرامون رویکردش به فعالیت نهضت آزادی در کشور اظهار داشت: " البته باید به این نکته مهم اشاره کنم که حداکثر اختلاف ما با آن‌ها، اختلاف‌نظر از منظر سیاسی بود. آن‌ها را انسانهای معتقد و متدینی می‌دانستم که صادق و شجاع هم بودند. حتی دفاع از حقوقشان را در انتخابات دوره نهم ریاست جمهوری، گرچه موضع‌گیری سیاسی نیز محسوب می‌شد، وظیفه خود می‌دانستم و این کار را فوقالعاده‌ای برای خودم نمی‌دانم. یادم است در دانشگاه رازی جلسه‌ای با استادان داشتیم، استادی پرسید که آیا از ملی- مذهبی‌ها در سطح مدیریت عالی هم استفاده می‌کنید؟ گفتم: بله. چراکه نه؟ این استاد به نامه امام ارجاع داد. گفتم با فرض آنکه آن نامه جعلی نبوده و درست بوده، می‌گویم که آن نامه مربوط به بیست سال پیش است و به نظر امام هم باید با توجه به شرایط زمان و مکان موضع گرفت. ضمن اینکه آن‌ها را نمی‌شود به لحاظ یک اتهام سیاسی، از حقوق مدنی محروم کرد. هیچ دادگاه و محکمه‌ای هم به‌طور عادلانه و با حضور هیئت‌منصفه و به‌طور علنی و حضور وکیل مدافع برگزار نشده که آن‌ها از حقوق مدنی و سیاسی محروم کرده باشد. اگر شایستگی ببینم تا حد وزیر از آن‌ها دعوت به همکاری می‌کنم. همان‌طور که با اهل سنت و اقلیت‌های قومی هم همین رویه را پیش می‌گیرم."[1]

[1] - تاریخ شفاهی آموزش عالی ایران، به روایت دکتر مصطفی معین، به کوشش پدرام الوندی. صفحه 57