نقش فعال مرحوم خویی در انتفاضه شعبانیه ثابت کرد که ایشان هم معتقد به ولایت فقیه به معنای دخالت در سیاست و حتی قیام و تشکیل حکومت است. اما تا قبل از آن ناگزیر به تقیه و عدم افشای علنی مواضع خود بوده است.