به گزارش مشرق به نقل از کیهان، وي در پاسخ به اين سوال كه «چرا در دوران بعد انتخابات سال 88، نيروهاي امنيتي كه به بازداشت سران اصلاح طلبان مي پرداختند و به نوعي شما را پدرمعنوي اصلاح طلبان و مرد پشت پرده مي دانستند، مبادرت به بازداشت شما نكردند؟ آيا توصيه اي شده بود و يا جرئت اين كار را نداشتند؟! نوشت: «هيچكدام؛ نه بحث توصيه است، نه بحث جرئت» و افزود: ولي علت اينكه بنده را بازداشت نكرده اند اين است كه خود آنان مي دانند من نه مزاحمتي براي آنان دارم و نه قدرت آن را دارم.
خاطرنشان مي شود به تازگي موسوي خوئيني ها دبير مجمع روحانيون، با وجود حمايت هاي صريح خود و تشكل متبوعش از فتنه گران و با علم به اينكه فتنه سبز احياشدني نيست، اقدام به موضع گيري عليه برخي شعارها كرده و شعار جمهوري ايراني در برابر جمهوري اسلامي را محكوم كرده بود.