در تمام مدتی که واقعه کربلا رخ داده ، در زندان بود تا اینکه بعدها با وساطت عبدالله بن عمر از زندان آزاد و مجبور به سفر به طائف شد.

وی یک سال در طائف سکونت داشت . در آن زمان، عبدالله بن زبیر حاکم مکه بود. پس از بازگشت مختار به مکه، ابن زبیر او را دعوت به همکاری کرد. او نیز با گرفتن تعهد مبنی بر اینکه در کارها او را شریک خویش قرار دهد با او بیعت کرد.

در جریان محاصره مکه توسط سپاه اموی، مختار نیز در کنار دیگران بشدت از حرم الهی دفاع کرد. پس از پایان محاصره، مختار به کوفه بازگشت. در این زمان کوفه به دست طرفداران عبدالله بن زبیر افتاده بود.

ورود او به کوفه مصادف با آمادگی توابین برای خروج از شهر بود. مختار نمی توانست در مقابل سران توابین قد علم کند. به همین جهت صبر کرد تا عاقبت کار توابین مشخص شود.
پس از خروج توابین از شهر، قاتلین امام حسین (ع) که از ناحیه مختار هراس زیادی داشتند، حاکم زبیری کوفه را وادار کردند  مختار را زندانی کند. مختار دوباره زندانی شد، اما پس از مدتی با شفاعت عبدلله بن عمر نزد ابن زبیر آزاد شد.
 

وی پنهانی مشغول آماده کردن قیام خود گشت و از بازماندگان توابین خواست آماده باشند. او آن را به کتاب خدا، سنت رسول، انتقام خون اهل بیت، دفاع از ضعفا و جهاد با کسانی که حرام اسلام را حلال کرده اند، دعوت می کرد.

مختار شیعیان را در محلهای خاصی گرد هم می آورد و خود را به عنوان نماینده محمد بن حنفیه مطرح می ساخت. گروهی از شیعیان نزد محمد بن حنیفه در مدینه رفتند و از او در این باره پرسیدند. محمد بن حنیفه نیز به صورت سر بسته و مبهم از مختار حمایت کرد، یعنی گفت: من دوست دارم تا خدا به دست هر کسی که خود از بندگانش می خواهد، انتقام ما را بگیرد.

اما این سخنان به صورت حمایت رسمی محمد بن حنفیه از مختار در میان شیعیان منتشر و موجب شد تا شیعیان زیادی به وی بپیوندند. مختار در پی افراد نیرومند و پر نفوذی بود که بتواند پایگاه خود را مستحکم کند.

از جمله آنان ابراهیم بن اشتر، فرزند مالک اشتر بود که توانست او را به سوی خود جلب کند.

بالاخره در شب چهاردهم ربیع الاول سال 66 شورشی آغاز گشت. دسته های سپاهیان او در شهر می گشتند تا هر که می خواهد به آنان ملحق شود. در جریان تسخیر شهر کوفه توسط نیروهای مختار، درگیری های متعددی رخ داد.

پس از این جریان مختار مأموریت اصلی خود یعنی کشتن قاتلین امام حسین(ع) را آغاز کرد. وی اعلام کرد: هر کس در خانه خویش را به روی خود ببندد، امنیت خواهد داشت، مگر کسی که در ریختن خون فرزندان پیامبر مشارکت داشته باشد.

بسیاری از اشراف که در ماجرای کربلا دست داشتند به سمت بصره فرار کردند.

اما یاران مختار بسیاری از آنان را دستگیر کرده و نزد مختار می آوردند. تعداد تخمینی کسانی که به جرم شرکت در حادثه کربلا کشته شدند، حدود سه هزار نفر ذکر شده است.  از جمله این افراد شمر بن ذی الجوشن، حرمله و عمر بن سعد هستند.

بعد از این وقایع، مختار سپاهی را به سمت مدینه فرستاد تا مدینه را از تسلط عبدالله بن زبیر، خارج ساخته و به این ترتیب زمینه را برای حاکمیت شیعی بر حجاز آماده کند. اما این سپاه شکست خورد.

مختار حتی نامه ای هم به محمد بن حنفیه نوشت که در آن هدفش را تصرف بلاد برای حاکمیت او ذکر کرده و از او خواست تا سپاهی را به سوی مدینه گسیل کند. اما محمد بن حنفیه با تمجید از او و نیتش، آنرا نپذیرفت.

... پس از اینکه ابن مطیع، مصعب را برای جنگ با مختار تحریک کرد، ابراهیم بن مالک اشتر(رحمه الله) آنها را شکست داد.

عبدالله بن مطیع کشته شد و مصعب به بصره فرار و به حکومت آنجا قناعت کرد، ولى افزایش قدرت روزافزون مختار از طرفى و تحریک فراریان کوفه نیز از طرف دیگر مصعب را بر آن داشت تا با لشکرى عظیم برای سرکوبى مختار به سوى کوفه حرکت کند.

مختار در مسجد جامع کوفه منبر رفت و مردم را به جنگ با مصعب دعوت  کرد، ولى مردم بی وفاى کوفه که شنیدند مصعب با لشکرى فراوان به طرف مختار مى آید از یارى او خودارى کردند.

در آن زمان ابراهیم بن اشتر نیز در موصل از طرف مختار امارت داشت و از حرکت مصعب بى اطلاع بود. مختار با یاران خود از کوفه خارج شد و در برابر لشکر مصعب ایستاد، جنگ آغاز شد، در ابتدا از لشکر مصعب گروهى کشته شدند ولى سستى کوفیان، مجال تجدید نفس به لشکر مصعب داد.

آنان حمله شدیدى کرده و لشکر مختار را عقب زدند که باعث شد در نهایت مختار در چهاردهم رمضان سال 67 هجرى قمرى در سن 67 سالگى کشته شود، سرش را از تنش جدا کردند و پیش مصعب به دارالاماره بردند.
محل دفن مختار کوفه است.