همچنین بقایی در حکم جداگانه ای امیر کیوان ذوالفقاری را به عنوان مشاور و مدیر کل دفتر معاون اجرایی و سرپرست نهاد ریاست جمهوری منصوب کرد.
در متن این حکم آمده است: نظر به مراتب تعهد و تدین و سوابق علمی ـ تجربی به موجب این حکم جنابعالی را به عنوان مشاور و مدیر کل دفتر معاون اجرایی و سرپرست نهاد منصوب می کنم.
نقش حوزه معاونت اجرایی و سرپرستی نهاد در هماهنگی و پشتیبانی فعالیتهای دولت بسیار موثر است. امیدوارم با توکل به خداوند متعال در برنامه ریزی و تعامل موثر با کلیه مدیران به منظور پشتیبانی موثر از تصمیمات و اقدامات اجرایی و تحقق اهداف نهاد ریاست جمهوری در راستای سیاستهای اصولی دولت خدمتگزار موفق و موید باشید.