به گزارش مشرق، اسناد بر جای مانده از پادگان اشرف نشان می دهد که در موضوعات ایدئولوژیک ارائه مطالبی از قرآن تنها در سال‌های خاص و در مواردی همچون آموزش افراد سازمان آن هم بصورت کاملا تحریف شده و گزینشی دیده می شود.

اگریکی از اعضای سازمان منافقین قرآن می خواند و آن را تفسیر می کرد برداشت ضد رجوی عمل کردن به حساب می‌آمد و هر چیزی ابتدا باید از فیلتر رجوی عبور می کرد.

خواندن قرآن بدون اجازه و بصورت غیرجمعی کفر محسوب می شدو هیچکس حق تحلیل نداشت و اگر مطلبی به ذهن کسی خطور می کرد باید آن را گزارش می داد تا آن را در بالاترین سطح سازمان تحلیل شود.

البته قرآن خواندن در میان افراد سازمان اصلا رسم نبود و مسعود در جلسات مختلف قرآن خواندن افراد را تمسخر می کرد.

 با نگاهی تفسیر به بخشی از تحریف های شکل گرفته  که در تفسیر ایات قرآن توسط منافقین شکل گرفته می توان به موارد زیر اشاره کرد:

 در یکی از تصاویر استفاده ای که از آیه اول صورت گرفت و به عنوان نکته مطرح شد هیچ ارتباطی با مبنای قرآنی ندارد،چرا که این آیه در صدد شمارش اولیای خدا نیست بلکه تنها به ویژگی خاص اولیای خدا اشاره دارد که عبارت است از غیر خدا نمی ترسند و اندوهگین نمی شوند و رجوی سعی کرده اعضای منافقین را به اولیا تشبیه کند.


در آیه ای دیگر ترجمه و تفسیر سازمان عنوان می کند که شهدا بشارت می دهند در حالی که این معنا عکس معنای حقیقی آیه است چرا که شهدایی که رفته اند شادمانند چرا که دوستانشان به شرف شهادت نائل خواهند شد زیرا که شهدا بعنوان یکی از مصادیق اولیا مطرح می باشند و لذا وقتی از اولیای خدا می شوند دلیلی ندارد که شهیدی به شهید دیگر که به تعبیر منافقین در راه است!بگوید که نترسید و بتازید.
 
در مورد آیه دیگری منافقین خود را اهل حق و گروهی نو معرفی و در این قالب خود را از اولیای خدا معرفی می کنند.

تصاویر زیر بخشی از قرآن های ارائه شده به عناصر سازمان را در یکی از دوره های آموزشی نشان می دهد.