در دولت خاتمی به سازمان برنامه و بودجه رفت و در پاییز ۱۳۸۵ با قرار گرفتن در لیست ائتلاف اصلاح طلبان نامزد شرکت در انتخابات شورای شهر تهران شد و توانست در جمع ۱۵ نفره شورای شهر تهران قرار بگیرد.

با روی کار آمدن دولت یازدهم ،نجفی در 26 مردادماه از سوی حسن روحانی به عنوان رئیس سازمان میراث فرهنگی و گردشگری منصوب شد.

وی که در لیست وزرای پیشنهادی دولت یازدهم به مجلس برای تصدی وزارت آموزش و پرورش قرار داشت، به علت مخالفت‌های جدی نمایندگان با اقدامات وی در فتنه سال 1388 نتوانست رأی اعتماد نمایندگان را کسب کند.

با توجه به رای منفی مجلس، انتصاب نجفی به عنوان معاون رئیس‌جمهور، موجب انتقاداتی شد.

نجفی در دوره مدیریت کوتاه خود در سازمان میراث فرهنگی و گردشگری، دست به تغییرات گسترده‌ای در این سازمان زد و نزدیک به 100 عزل و نصب انجام داد.

این تغییرات شامل 32 معاون و مدیر کل در سطح سازمان و انتصاب 27 مشاور و رئیس کاخ موزه های مهم کشور و 33 تغییر در سطح استان ها می باشد و این آمار تغییراتی است که در فضای مجازی منتشر شده و احتمال اینکه دامنه این عزل و نصب ها بیش از این نیز باشد وجود دارد.

از آنجا که اصلاح‌طلبان به مدیرانی که در دولت احمدی‌نژاد به طور کوتاه‌مدت مسئولیتی بر عهده می‌گرفتند و کنار می‌رفتند، «مسئول تسویه» می‌گفتند،احتمالا نجفی نیز مسئول تسویه در سازمان میراث فرهنگی و گردشگری بوده است تا پس از برکناری افراد غیرهمسو با دولت، این سازمان را تقدیم به رئیس جدید کند.