از سوی دیگر دیدار وی با مراجع عظام تقلیدی که مورد توجه جامعه متدینین بوده‌اند و عدم ملاقات با برخی علمای مدعی که در سال‌های گذشته تلاش کردند مرجعیت خود را با موضع‌گیری‌های تند سیاسی تثبیت کنند نیز قابل توجه است. انتظار بسیاری از حامیان اصلاح‌طلب دکتر روحانی آن بود که وی به دیدار این افراد نیز برود اما او باز هم شناخت دقیق خود را موقعیت ریاست جمهوری و از سوی دیگر واقعیت موجود در حوزه‌های علمیه را نشان داد.
حجت الاسلام والمسلمین حسن روحانی پس از دیدار مراجع تقلید ترجیح داد تا در دبیرخانه مجلس خبرگان واقع در میدان رسالت قم با حضرت آیت الله محمد یزدی و جمع دیگری از نمایندگان مجلس خبرگان ساکن قم و تعدادی از علما دیدار داشته باشد و ناهار را با این افراد میل کند.این ساختمان برای او ناآشنا نیست چرا که وی سال‌های متمادی در جلسات مربوط به مجلس خبرگان و در این ساختمان شرکت کرده است.
این اقدام معنادار روحانی از آن جهت قابل توجه است که آیت الله یزدی از بزرگان طیف اصولگرا بوده و ریاست جامعه مدرسین را برعهده دارد؛ جامعه مدرسینی که در سال‌های گذشته منتقد جدی اصلاح‌طلبان بوده و تا مرحله نامشروع خواندن سازمان مجاهدین انقلاب نیز پیش رفت. اما دکتر روحانی با درک صحیح از مسائل درون‌حوزوی در نخستین گام ترجیح داد با بزرگان جامعه مدرسین از جمله آیت الله یزدی دیدار داشته باشد.
با توجه به تجربیات موجود و رفتارهای رؤسای جمهور تا کنون باید گفت بدیهی است همه این رفتارهای جناب حجت الاسلام و المسلمین روحانی تا زمانی می‌تواند مثبت ارزیابی شود که وی به معنای واقعی ارتباط دقیق و مستمر خود را با مراجع عظام تقلید و حوزه‌های علمیه در چهار سال آینده رعایت کند.
مراجع عظام تقلید همچون گذشته وظیفه خود شرعی خود می‌دانند که از دولت و اقدامات مثبت آن حمایت کنند و هر جا که احساس کردند بر خلاف مبانی شرع و مصالح جمهوری اسلامی ایران اقدامی صورت می‌گیرد تذکرات لازم را بدهند.
رئیس جمهور اسلامی ایران هم‌اینک به خوبی می‌داند مراجع تقلید، حوزه‌های علمیه و روحانیت دلسوز نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران هستند و تذکرات دلسوزانه و توجه به تذکرات دلسوزانه آنها یقینا سعادت دنیوی و اخروی را به همراه خواهد داشت.
