ولی در روز هشتم آبان ماه سال 89 اداره بنادر نوشهر اقدام به تصرف بخشی از این باغ برای احداث جاده کمربندی کرد که در صورت اجرای این عملیات حدود 50 هزار درخت و درختچه و چندین هکتار زمین زیرکشت گیاهان دارویی تخریب می شد. به دنبال تجاوز به باغ گیاه شناسی نوشهر پرونده ای در دادسرای شهرستان نوشهر تشکیل شد و چون متشاکی در حد مدیرکل بود پرونده با قرار عدم صلاحیت به دادسرای مرکز استان (ساری) منتقل شد.
پس از انتقال پرونده شعبه 5 بازپرسی ساری پرونده را مورد مطالعه قرارداد و قرارمجرمیت برای متهم پرونده (مدیرکل بندر نوشهر) به دلیل قطع اشجار و تصرف عدوانی صادر کرد. این قرارمجرمیت باموافقت دادستان ساری در مرحله صدور کیفرخواست قرار گرفت.
بر اساس این گزارش مدیرکل اداره کل بنادر نوشهر به عنوان متهم در جلسه دادگاه مورخ اول اردیبهشت 92 در شعبه 106 ساری حاضر شد اما اسنادی ارائه کرد مبنی بر اینکه در تاریخ تخریب باغ گیاهشناسی و قطع درختان توسط اداره کل بنادر نوشهر برای انجام مأموریت اداری خارج از کشور بوده است لذا مسئولان باغ گیاهشناسی شکایت خود را پس گرفتند. بر اساس اسناد جدید اعلام شد دو تن از معاونان اداره کل بنادر و یکی از مسئولان حراست در این پرونده دخیل بوده و قرار شد پرونده دوباره مورد بررسی قرار گیرد.
هر چند این پرونده همچنان در حال بررسی است ولی استانداری مازندران در یک اقدام فوری دستور داده تا ساعت 10 صبح روز چهارشنبه با حضور فرماندار نوشهر، مدیرکل انتظامی استانداری، مدیرکل بازرسی و رئیس ایستگاه تحقیقات جنگل و مرتع استان جلسه فوق العاده برای تخریب باغ گیاه شناسی تشکیل شود. همچنین رونوشت این نامه برای نماینده مجلس استان و مدیرکل دریانوردی هم ارسال شده است.
غلامعلی ریاحی وکیل باغ گیاه شناسی در گفتگو با خبرنگار مهر در مورد این اقدام استانداری مازندران گفت: در این خصوص نامه ای را به دادستان عمومی نوشهر ارسال کردیم. در این نامه آمده است که این اقدام استانداری خلاف قانون بوده و در هفته قوه قضائیه درخواست داریم به این پرونده به سرعت رسیدگی شود.
همچنین محمد امینی رئیس مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی مازندران هم نامه ای خطاب به مهندس هاشمی معاون عمرانی استانداری نوشته که در آن آمده است: برای صدور چنین دستوری نیاز به موافقت معاونین رئیس جمهور و وزرا است و در صورت این اقدام قطعا پیگیری قانونی سنگین تری در انتظار شما و ماموران و عامرین خواهد بود.
