به گزارش مشرق به نقل از جماران، پس از پیروزی انقلاب اسلامی وی گذشته از انجام وظایف روز مره به عنوان سرپرست انجمن اسلامی پایگاه به پاسداری از دستاوردهای پرشکوه انقلاب اسلامی پرداخت.
در مرداد ماه سال 1360 فرماندهی پایگاه هشتم شکاری بر عهده ی او گذاشته شد.او با روحیه شهادت طلبی صفحات نوین و زرینی در تاریخ دفاع مقدس و نیروی هوایی ارتش نگاشت و با بیش از 3000 ساعت پرواز با انواع هواپیماهای جنگنده قسمت اعظم وقت خود را در پرواز های عملیاتی و یا قرارگاه ها و جبهه های جنگ در غرب و جنوب کشور سپری کرد و تنها از سال 1364 تا هنگام شهادتش بیش از 60 ماموریت جنگی را با موفقیت کامل به انجام رسانید.

سرلشکر بابایی به علت لیاقت و رشادت هایی که در دفاع از نظام سرکوبی و دفع تجاوزات دشمن از خود بروز داد در فروردین 1366 به درجه سرتیپی مفتخر گردید.سرتیپ بابایی صبح روز پانزدهم مردادماه همراه یکی از خلبانان نیروی هوایی«سرهنگ نادری» به منظور شناسایی و تعیین راه کار اجرای عملیات با یک فروند هواپیمای اف-5 از پایگاه هوایی تبریز به پرواز درآمد و وارد آسمان عراق شد.