رهبر انقلاب اسلامي مبناي اصلي كار در حوزه هاي علميه را تربيت فقيه خواندند و خاطرنشان كردند: لازم است در كنار توجه به اين مبناي اصلي به آموزش و فراگيري علوم عقلي اعم از فلسفه و كلام نيز اهتمام شود.
ايشان «روح» حاكم بر حوزه هاي علميه را تربيت علماي وارسته دانستند و در تبيين لوازمِ «صورت و قالبِ» فعاليت هاي حوزه هاي علميه، بر مواردي همچون پرهيز از تقليد روشهاي مديريتي ديوان سالارانه، گسترش تشكيلات اداري، موازي كاري و مدرك گرايي تأكيد كردند.
رهبر انقلاب تقويت سطح علمي و آموزشي در حوزه هاي علميه را ضرورتي قابل توجه دانستند و تصريح كردند: لازم است شورايعالي حوزه هاي علميه در اين زمينه برنامه ريزي كند.
پيش از بيانات رهبر معظم انقلاب اسلامي ابتدا آيت الله استادي رئيس شورايعالي حوزه علميه و سپس حضرات آقايان مقتدايي،غروي و حسيني بوشهري گزارشي از اقدامات دوره گذشته مديريت حوزه و مصوبات و سياست گذاري هاي شورايعالي و برنامه هاي مديريت در دوره ي پيش رو بيان كردند.