در اين موزه اشياء زياد قديمي مربوط به بيت الله الحرام و مسجدالنبي به چشم می‌خورد كه ستون چوبي كعبه متعلق به سال 65 هجري قمري، قدیمی‌ترین آنها به شمار می‌رود كه مربوط به زمان حكومت عبدالله بن زبير است.
اين ستون چوبي كه اکنون بيش از 1360 سال از عمر آن می‌گذرد تا چندي قبل، درون کعبه قرار داشته و روي يک پايه سنگي نصب شده بود تا رطوبت هوا و موارد ديگر باعث خرابي آن نشود.
درب منبر قديمي مسجد النبي كه متعلق به سال 968 هجري شمسی بوده نيز از قدیمی‌ترین آثار اين موزه است كه بر روي اين درب نوشته‌هایی به خط نستعليق مشاهده می‌شود.
پرده در کعبه
براي اولين بار در سال 810 هجري قمري براي در خانه كعبه پرده نقش دار تهيه كردند كه امروز اين پرده از پنج قطعه تشكيل شده است كه اصطلاحا به آن برقع می‌گویند كه بر روي آن آياتي از قرآن كريم از جمله آيت الكرسي و 7 آيه ديگر به همراه سوره هاي حمد و قريش بافته شده كه ابعاد آن 32.6 در 30.3 متر می‌باشد.
گفتنی است با ارزش‌ترین بخش پرده کعبه مربوط به پرده در کعبه است که این بخش هر ساله به کشوری که میزبان کنفرانس سران کشورهای اسلامی است هدیه می‌شود. در هشتمین اجلاس سران کشورهای عضو سازمان کنفرانس اسلامی که در سال 76 به میزبانی تهران برگزار شد پرده در خانه خدا به جمهوری اسلامی ایران اهدا شد.
همچنين قطعه‌هایی از پرده هاي داخل و خارج کعبه، از گذشته تاکنون در اين موزه به چشم می‌خورد كه پرده داخل کعبه و ضريح مطهر پيامبر(ص) در گذشته قرمز بوده اما اکنون به رنگ سبز در آمده است.
اولين بار در سال 1310 هجري شمسي، 6 چراغ برقي روي حجر اسماعيل نصب شد كه اين چراغ‌ها هم اكنون در موزه مكه نگهداري می‌شوند و در حال حاضر نيز سه عدد چراغ بر روي حجر اسماعيل قرار دارد كه نور داخل آن سبز رنگ است.
متعلقات چاه زمزم
يكي از اشياء جالبي كه در موزه مكه توجه بازديدكنندگان را به خود جلب می‌کند متعلقات چاه زمزم است كه اولين بار سقاخانه آب زمزم در صحن مسجد الحرام بين رکن و مقام توسط عباس بن عبدالمطلب ساخته شد و سقايه العباس نام گرفت.
بعدها در سال 65 هجري قمري هنگام توسعه، آن را به شرق مسجدالحرام انتقال دادند و برروي آن گنبدي چوبي نصب کردند به نام قبه العباس كه بعدها اين بنا با سنگ تجديد می‌شود.
در اين ايام که فرزندان عباس عموي پيامبر دنبال اين ميراث خانوادگي نرفتند، ديواري دور چاه زمزم کشيده می‌شود. به طوري که هرکس می‌خواست از آن بنوشد، می‌بایست از اين ديوار بالا رود و بوسيله طناب و قرقره اي شبيه آنچه اکنون در موزه است، از آن آب استخراج کند.
در سال 1093 هجري شمسي در تجديد بناي دوباره قبه العباس آن را به صورت هشت ضلعي می‌سازند در حالي که قبلا به صورت مربع بوده است.
سقاخانه هاي صحن مسجد الحرام در دهه هفتاد، قرن 14 هجري به 8 عدد می‌رسد و جهت استفاده و رفاه زائران، در حدود سال 1334 هجري شمسي هم زمان با نصب اولين موتور آب روي زمزم، ساختماني برفراز آن احداث شد ولي از آنجا که در هنگام ازدحام طواف کنندگان اين بنا، مانع طواف می‌شد، سال 1343 هجري شمسي زير زميني ساختند و اين تاسيسات را به آن جا انتقال دادند.
در سال‌های اخير با اقبال گسترده مسلمانان ، باز هم به فضاي بيشتري براي مطاف نياز بود لذا در سال 1382 زير زمين را هم پوشاندند و به جاي آن در ضلع شرقي مسجد الحرام جايگاه ويژه اي را براي استفاده خيل عظيم زائران از آب زمزم احداث کردند.
امروزه در جاي جاي مسجد الحرام كلمن هاي مخصوص آب زمزم را می‌توان ديد كه اين امر به منظور دسترسي آسان‌تر زائران به آب زمزم بسيار موثر و مفيد واقع شده است.
ناودان طلاي خانه خدا
براي خارج ساختن آب باران از بام كعبه ، ميان شمال و غرب بام ، ناوداني از طلا نصب شد كه آب را به داخل حجر اسماعیل هدايت می‌کند.
كعبه تا 35 سال بعد از ولادت حضرت رسول(ص) ناودان نداشت و نخستين ناودان را قريش در آن سال از چوب تراشيدند و بر بام آن نصب كردند.
ناوداني كه در موزه قرار دارد در سال 990 هجري شمسي توسط سلطان عثماني ساخته شد و اين ناودان چوبي از بيرون طلا اندود و از داخل سرب اندود است و براي آنکه پرندگان روي آن ننشينند، کناره هاي آن را ميخ زده‌اند.
در طول سال‌ها، حكام و امرا ناودان‌هایی از نقره و طلا ساختند كه ناودان طلاي كنوني را سلطان عبدالحميد عثماني به طول 2 متر و 35 سانتي متر و عرض 26 سانتي متر در سال 1273 به خانه كعبه هديه كرد.
ستوان‌های مختلف
از ديگر اشياء قديمي كه در موزه مكه به چشم می‌خورد، وجود انواع ستون‌ها است كه شامل ستون‌های ساختمان مقام اسماعيل، ستون‌های سنگي يكپارچه قديمي مسجدالحرام كه بر روي آنها آيات قرآن و اسماء الهي حك شده و ستون‌های فلزي قديمي مسجدالحرام كه بر روي آنها چراغ‌های روشنايي نصب می‌شد است.
چراغ‌های صحن مسجدالحرام
روشنايي مسجد الحرام در گذشته در محدوده مطاف بوده که با استفاده از روغن زيتون و شمع، اين مهم انجام می‌گرفت كه بعدها در سال 1218 هجري شمسي مادر سلطان حميد عثماني شش ستون فلزي به مسجدالحرام هديه می‌کند که سرآنها همانند شاخه هاي نخل آويزان بوده و در هر يک قندیل‌هایی جهت روشنايي صحن مسجد الحرام قرار داشته است.
کمي بعد، دور صحن مسجدالحرام به ستون‌هاي جلويي شبستان عثماني کابل هايي نصب مي‌شود که از آنها 1422 قنديل آويزان بوده است تا اين که در سال 1299 هجري شمسي براي اولين بار اطراف مطاف با چراغ هاي برقي روشن مي‌شود.
به مرور زمان ستون‌هايي در صحن مسجد الحرام نصب مي‌کنند که چراغ هاي روشنايي به آنها آويزان بوده است. نمونه‌هايي از آن ستون‌ها و چراغ‌ها، اکنون در اين موزه به چشم مي‌خورد.
صندوقچه‌ها و قاب‌هاي حجرالاسود
دو صندوقچه در سال 1237 هجري شمسي و نيز در دوران معاصر ساخته شد که هر کدام مدتي درون کعبه بوده و وسايل شستشوي خانه خدا را در آنها قرار مي‌دادند كه در تعميرات سال 1375 کعبه به جاي آن، يک صندوق سنگي در کنار ستون اول کعبه ساخته‌اند.
یکی دیگر از آثاری که در موزه مکه وجود دارد دستگاه بافت پرده خانه خدا است که در گذشته پرده خانه خدا را به صورت دستي مي‌بافته‌اند که در حال حاضر پرده کعبه با دستگاه‌هاي پيشرفته بافندگي رايانه‌اي بافته مي‌شود.
دیگر آثار موزه مکه
درب قديمي کعبه متعلق به سال 1323 هجري شمسي، کتیبه‌هایی قدیمی مسجدالحرام که اسماء الهی و پیامبر(ص) رو آن حک شده، قاب‌های قدیمی حجرالاسود، قفل و کلید سابق درب خانه خدا، تصاویری از جایگاه نماز مذاهب اربعه در مسجدالحرام، تصاویری از داخل کعبه و محل قرار گرفتن وسایل شستشو، ستون‌های کعبه، راه پله پشت بام کعبه و باب مجيديه از درهاي شمالي و اصلي مسجد النبي، سر در ورودي روضه منوره و کتيبه‌هاي ساختمان زمزم به همراه تصاویر قدیمی مدينه منوره و مسجدالنبی و قبرستان بقیع از دیگر اشیایی است که در این موزه نگهداری می‌شود.
ماکت مسجد النبي و مسجدالحرام ، ساعت آفتابی متعلق به سال 1222 هجري شمسي، ساعت حميديه متلعق به سال 1311 هجري شمسي و همچنین وجود قرآنی منسوب به دوران خليفه سوم که با خط کوفي نوشته شده و به عنوان قران مرجع و اصلي، به نقاط مختلف دنياي اسلام فرستاده مي‌شد بخش دیگری از آثار نگهداری شده در موزه مکه است.