خالد نبی در منطقه کوهستانی و در ۶۲ کیلومتری شمال شرق شهرستان کلاله و ۹۰ کیلومتری گنبد کاووس قرار دارد و بر فراز قله کوه "گوگجه داغ" واقع شده است.