مجموعه‌ی خالد نبی در منطقه‌ای کوهستانی، در فاصله‌ی ۹۰ کیلومتری از گنبد کاووس و ۶۲ کیلومتری شمال شرقی شهرستان کلاله و ۶ کیلومتری روستای گچی سو، بر فراز قله‌ی کوه «گوگجه داغ» واقع شده است.