به گزارش مشرق به نقل از قانون،همسر حاج مصطفی خمینی، دختر مرتضی حائری است. خدیجه ثقفی، همسر امام خمینی(ره) درباره اینكه چگونه این وصلت صورت گرفته است، می‌گوید: «یک وقت شایع شد كه با آقا مرتضی حائری وصلت كرده‌ایم‌، به‌طوری كه مصطفی می‌گوید: وقتی آقای حائری از صحن حرم بیرون می‌آید، رفقا می‌گویند كه پدر زنت آمد. این شایعه به گوش آقا رسیده بود و یک شب آقا از من پرسید كه دختر آقای حائری را دیده‌ای‌؟ من هم كمی توضیح دادم‌. آقا گفت‌: چطور است این دروغ را راست كنیم‌؟ گفتم كه هرطوری صلاح می‌دانید. فردا صبح هم آقا پیغام فرستاده بود و ظهر، آنها جواب داده بودند و باز آقا پیغام داده بود كه همان شب بروند برای صحبت‌؛ بعد به ما خبر دادند كه مردها رفته‌اند و ما زن‌ها هم بعداً رفتیم و قرار عقد گذاشته شد.» این عقد در 24 سالگی سید مصطفی خمینی و در تاریخ 17 فروردین 1333 صورت گرفت.

معصومه حائری در طول این سال‌ها هیچ علاقه‌ای به حضور در عرصه‌های رسانه‌ای و اجتماعی نداشته است و از این نظر در نقطه مقابل دیگر عروس امام خمینی، فاطمه طباطبایی قرار می‌گیرد. خبرنگار قانون سعی كرد به بهانه هفتاد و پنجمین سالگرد رحلت پدربزرگ او، آیت‌الله شیخ عبدالكریم حائری یزدی و نیز سالگرد شهادت همسر، با او مصاحبه‌ای كند اما پس از پیگیری فراوان متوجه شد خانم حائری كسالت پیدا كرده‌اند و برای استراحت نزد دختر خود، خانم مریم خمینی در سوئیس رفته‌اند.

اولین فرزند وصلت معصومه حائری و مصطفی خمینی دختری به نام محبوبه بود كه به جهت ابتلا به مننژیت درگذشت. مریم خمینی دومین دختر حاج مصطفی خمینی است. تحصیلات دكترا دارد و مدتی در دوبی و اكنون در سوئیس به شغل پزشكی مشغول است.

تنها پسر مصطفی خمینی، حسین نام دارد. او از ابتدای انقلاب به فعالیت‌های سیاسی پرداخت، فعالیت‌هایی كه با خط انقلابیون پیرو خط امام زاویه داشت و اینگونه شد كه امام خمینی به او نامه نوشت و به او گوشزد كرد كه جوانى براى همه خطرهایى دارد كه پس از گذشت ایام انسان متوجه مى‏‌شود. امام خمینی(ره) همچنین در این نامه نوشت: «من میل دارم كسانى كه به من مربوط هستند در این كوران‌هاى سیاسى وارد نشوند. من امید دارم كه شما مجاهدت در تحصیل علوم اسلامى، با تعهد به اخلاق اسلامى و مهار كردن نفس امارة بالسوء، براى آتیه مورد استفاده واقع شوى. من علاوه بر نصیحت پدرى پیر به شما امر شرعى مى‌ كنم كه در این بازی‌هاى سیاسى وارد نشوى و واجب شرعى است كه از این برخوردها احتراز كنى. من به شما امر مى‏كنم كه به حوزه علمیه قم برگرد و با كوشش به تحصیل علوم اسلامى- انسانى بپرداز. از خداوند تعالى توفیق شما و همه محصلین را خواستارم».

حسین خمینی، پسر 46 ساله آیت‌الله مصطفی خمینی، بعد از فوت امام(ره) هم وارد سیاست شد و حتی در سال 1383 به ایالات متحده آمریكا و عراق سفر كرد و دیدارهایی هم در آن كشور داشت اما از سال 1384 به كشور برگشته است و اكنون در قم زندگی می‌كند.

مصطفی خمینی فرزند دیگری هم داشت كه یورش ناگهانی مأموران ساواک در روز 13 دی 1343 به منزل امام برای دستگیری حاج آقا مصطفی سبب ترس و وحشت همسر او شد كه با سقط جنین و از بین رفتن فرزند چهارم ایشان همراه بود.