این مسجد اعظم، گسترده و کم نظیر در دوره سلجوقی بنا شده است. در دوره های مختلف اسلامی بخصوص دوره ایلخانی مرمت شده و تا دوره صفوی معمور و آباد بوده است. مسجد دوره سلجوقی و ایلخانی بسیار گسترده تر و وسیع تر از بنای مکعبی فعلی بوده که در ادوار بعد بر اثر زلزله تخریب شده و بنای موجود صرفاً گنبدخانه و ایوان مسجد بزرگ را تشکیل می داده است. گفتنی است، این بنا بشماره 248 در فهرست آثار ملی کشور به ثبت رسیده است.