پس از وفات  حضرت معصومه (س) موسى بن خزرج سايبانى از بوريا بر فراز قبر شريفش قرار داد تا اين که حضرت زينب فرزند امام جواد (ع) به سال 256 هجرى قمرى اولين گنبد را بر فراز قبر شريف عمه بزرگوارش بنا کرد. پس از آن در طول ساليان دراز تا امروز مرقد مطهر ايشان همواره مورد توجه و احترام شيعيان و ارادتمندان بوده و بارها تجديد بنا شده و توسعه و تکميل يافته است. امروزه حرم مطهر داراي ضريح، گنبد، رواق ها، ايوان ها،صحن ها، گلدسته های بسيار زيبايي است.