به گزارش مشرق، بنای اولیه این مسجد در سال ۲۸۱ هجری قمری در زمان عمرو لیث صفاری ساخته شده‌است. بعدها شاه اسحق اینجو در سال ۷۵۲ قمری ساختمانی در میان مسجد بناکردکه آن را خدایخانه یا دارالمصحف نامیند و مکان نگهداری قرآن مجید و مکان تلاوت آن بوده‌است.این مسجد اولین هسته مذهبی در شهر شیرازاست که جدااز عملکرد مذهبی نقش اجتماعی-سیاسی نیز داشته‌است.