به گزارش مشرق به نقل از جهان، خبرگزاری رسا در مطلب خود پیرامون این ماجرا نوشت:

"سرپرست روزنامه ایران با نوشتن مقاله ای در مورد کمک های دولت از بودجه عمومی به حوزه های علمیه بار دیگر مناقشه ای قدیمی را زنده کرد. رابطه نهاد روحانیت با حکومت، همیشه در طول تاریخ محل مناقشات و بحث و جدل ها بوده است. بعد از انقلاب اسلامی نیز علی رغم حضور مرجعیت در نهاد حکومت و تشکیل حکومتی مبتنی بر احکام اسلام اما باز هم این مسئله کمابیش مورد بحث بوده است. 
جوانفکر در سرمقاله روزنامه ایران با اشاره به رشد کمک های دولت از بودجه عمومی به حوزه های علمیه در سال های اخیر، تلاش کرد این مطلب را نشانه ارتباط خوب رییس جمهور با مراجع، علما و روحانیت بداند. اما آنچه جوانفکر از آن به کمک ۷۶۰ میلیارد تومانی دولت به حوزه های علمیه تعبیر کرده بود، با مخالفت و موضع گیری های متعددی در حوزه های علمیه مواجه شد که شاخص ترین آنها جوابیه شورای عالی حوزه های علمیه به سرپرست روزنامه ایران بود. 
عدم دقت در ارقام، عدم تخصیص بودجه ها، استقلال حوزه ها و استفاده از بودجه عمومی برای کارهای عمرانی از جمله پاسخ های شورای عالی حوزه ها علمیه بود. بودجه های عمومی همانگونه که بارها بدان اشاره شده تنها در فعالیت های عمرانی حوزه های علمیه استفاده می شود و به مصارف عمومی طلاب نمی رسد، اما در این میان چهره روحانیان و طلابی که تا کنون اسم و اثری از این بودجه ها ندیده اند، در برابر سوالات مردم، مصداق ضرب المثل آش نخورده و دهان سوخته است. مطلبی که باعث شده است شورای عالی حوزه های علمیه طرحی برای عدم دریافت کمک از دولت را مطرح کند."