اما ماجرا زمانی جنجالی شد که اخباری در این زمینه منتشر شد که در اثر این ادغام‌ها سه وزیر برکنار شده و سرپرستی وزارتخانههای ادغام شده بر عهده وزیرانی قرار گرفته که یک طرف ادغام بوده‌اند.
اگرچه در خبر منتشر شده در پایگاه اطلاع‌رسانی دولت بر این مساله تصریح نشده بود اما مصوبه دولت نشان می‌داد سه وزیر نفت، رفاه و صنایع برکنار شده‌اند، چرا که دولت تصویب کرده است که در وزارتخانههای جدید به ترتیب وزیران نیرو، کار و بازرگانی به همراه معاونان برنامه ریزی و نظارت راهبردی رئیس جمهور و توسعه مدیریت و سرمایه انسانی رئیس جمهور مأمور شدند نسبت به تهیه تشکیلات جدید و تعیین تکلیف اموال، امکانات، تجهیزات، نیروی انسانی و اختیارات و وظایف جدید وزارتخانهها اقدام و نتیجه برای طی مراحل قانونی به هیئت وزیران ارائه کنند و به این ترتیب، عملاً میرکاظمی، محصولی و محرابیان از چرخه تصمیم‌گیری برای ساختار جدید نیز کنار گذاشته شده‌اند.
در عین حال، واحد مرکزی خبر نیز در خبری نوشت که رئیس‌جمهور ساعت 23 یکشنبه غضنفری را به‌عنوان سرپرست وزارت صنایع منصوب کرده است.
با این حال، ابتدایی‌ترین مساله در قبال این تصمیم دولت، این است که پیش از تنظیم لایحه در مورد تشکیلات، اختیارات و وظایف وزارتخانههای جدید، سه وزیر کنار گذاشته شده و دولت اصرار دارد که متن ماده 53 برنامه پنجم به نحوی است که ابتدا تعداد وزارتخانهها کاهش یابد و سپس وظایف واختیارات در لایحه پیشنهادی برای تصویب به مجلس فرستاده شود.
این در حالی است که این برداشت از ماده 53 برنامه پنجم مخالف روح اصل 132 قانون اساسی است که تأکید می‌‌‌کند "تعداد وزیران و حدود اختیارات هر یک از آنان را قانون معین می کند" و زمانی که یک وزارتخانه قرار است در وزارتخانه دیگر ادغام شود، بر اساس قانون باید قبل از ادغام وظایف و اختیارات مشخص شده باشد، چرا که در غیر این‌صورت اساساً ادغام معنا ندارد.
اما در کنار ابهامات قانونی دولت و شاید مهم‌تر از آن، ابهامات سیاسی و عملکردی است، به‌طوری که دولت در شرایطی که حدود دو سال برای این کار فرصت داشت، ناگهان هشت وزارتخانه را که همگی نیز وزارتخانههای اقتصادی دولت بوده و درگیر جدی‌ترین طرح اقتصادی تاریخ دولت‌ها هستند،، یک‌جا ادغام کند.
این تصمیم در حالی گرفته شده است که سال جاری از سوی رهبر انقلاب به‌عنوان سال "جهاد اقتصادی" نام‌گذاری شده و به‌نظر می‌رسد با نگاهی به حواشی هفته‌های اخیر با این اقدام‌ها نیز نوعی پروژه مشغول‌سازی و ایجاد تعارض کلید خواهد خورد، که نتیجه قطعی آن درگیر شدن این وزارتخانهها با ساختار جدید ظرف حداقل شش ماه آینده و هدر رفتن فرصت و انرژی در این زمینه است.
این موضوع زمانی حساس‌تر می‌شود که در حال حاضر بزرگ‌ترین طرح تاریخ اقتصاد کشور به‌عنوان هدفمندی یارانه‌ها در حال اجرا است و اتفاقاً وزارت‌خانه‌هایی مانند رفاه، بازرگانی، صنایع، نفت و نیرو که نقش مستقیم در اجرای این قانون را دارند، هدف تصمیم دولت قرار گرفته‌اند که نتیجه اولیه و قطعی آن بی‌ثباتی در مدیریت‌ها و به تبع آن تصمیم‌سازی‌ها و اجرا است. این در حالی است با کاهش توان این وزارتخانه ها و تمرکز بر موضوع ادغام، سرنوشت طرح مذکور نیز در هاله‌ای از ابهام فرو خواهد رفت که این امر نگرانی‌های جدی را به دنبال دارد.
به‌عنوان نمونه، یکی از حساس‌ترین بخش‌های اجرای قانون هدفمندی یارانه‌ها، رصد کردن وضعیت صنعت و تولید کشور و حمایت از واحدهای فعال در این بخش است که هرگونه بی‌ثباتی و یا وقفه در حسن اجرای سیاست‌های مربوط به این بخش می‌تواند به‌طور مستقیم بر طرح بزرگ هدفمندی آثار زیان‌بار زمین‌گیر کننده داشته باشد.
همچنین کنار گذاشتن وزیرانی که در اثر برخی اقدام‌های اخیر دولت مساله‌دار شده و به‌نحوی اعتراض کرده بودند، یکی دیگر از شائبه‌های ادغام‌های شتابزده است، به‌طوری که دولت تاکنون گزارشی در مورد فرآیند بررسی این تصمیم در کمیسیون‌های دولت ارائه نداده و مشخص نیست چرا در شرایطی که می‌توانست این تکلیف قانونی در فرآیند تعیین شده برای آن به‌طور تدریجی انجام شود، چگونه با شتاب عجیبی در دستور کار قرار گرفته است آیا اساسا موضوع ادغام در جلسه گذشته هیات دولت قرار گرفته است یا خیر؟
گفته می‌شود سید مسعود میرکاظمی وزیر نفت به‌تازگی انتقاد خود از جریان انحرافی را صراحتاً در جلسه‌ای به رئیس‌جمهور اعلام کرده بود. این در حالی است که رهبر معظم انقلاب نیز در نوروز سال جاری در بازدید از پروژه‌های عظیم پارس جنوبی در عسلویه از این وزیر تقدیر ویژه کرده بودند.
