وی همچنین در جنگ ایران و عراق نیز در کنار شهید مصطفی چمران حضور داشته و به اسارت درآمد. وی نقش عمده‌ای در اردوگاه های اسرای ایرانی در عراق داشت. وی در دوازدهم خرداد ۱۳۷۹ در مسیر زیارت حرم علی بن موسی الرضا به همراه پدرش آیت اللَّه سیدعباس ابوترابی فرد بر اثر سانحه رانندگی درگذشت و پیکر هر دو در صحن آزادی حرم امام رضا به خاک سپرده شد.
