او همچنین گفته بود: هیچ تغییری در ریاست مرکز حراست این وزارتخانه اتفاق نیفتاده است. با این وجود روز پنجشنبه حکم وزیر علوم برای تصدی ریاست حراست از سوی داریوش سلیمی منتشر شد که نشان می‌داد فرجی دانا برای چندمین بار بی‌صداقتی به خرج داده و دروغ گفته است. وی در مجلس و در جریان اخذ رأی اعتماد نیز خود را منزه از فتنه‌گران جلوه داد و وعده کرد که فتنه‌گران را به کار نگیرد. اما پس از حسن ظن نمایندگان مجلس و کسب رأی اعتماد آنان، عناصر فتنه‌گر را در سطوح معاونین وزارت (نظیر توفیقی و...) به کار گماشت براساس اعلام وزارت اطلاعات، برخی از این انتصاب‌ها با وجود مخالفت وزارت اطلاعات صورت گرفته است.
فرجی دانا همچنین بالغ بر 23 رئیس دانشگاه و پژوهشگاه را برکنار کرده و اغلب از جریان حامی فتنه بر این مناصب گماشته است. وی هم یک کارت زرد تذکر از مجلس گرفته و مورد  اعتراض شدید نمایندگان اصولگراست. گفته می‌شود کسانی چون «ف-ر» عضو فراکسیون مشارکت در مجلس ششم که صلاحیت وی در انتخابات مجلس نهم و شورای شهرچهارم تهران رد شده و دارای پیوند با برخی سران فتنه است، در فهرست انتصاب‌های فرجی دانا قرار دارند.